Изъятие оружия — важная, но лишь небольшая видимая часть приготовлений вооруженных сил к перевороту. Многое делалось скрытно. "В июле, — писала позже газета "Меркурио", — генерал Г. Бради получил секретные инструкции подготовить в военном училище план борьбы с подрывными действиями любых экстремистских групп в районе Сантьяго. Авторы плана исходили из того, что поставить под контроль войск остальную часть территории страны не составит труда и что наиболее активное и серьезное противодействие следует ожидать лишь в Сантьяго". Они детально проанализировали особенности местности, расположение наиболее важных населенных пунктов, коммунальнобытовых предприятий, состояние дорожной сети. В составленном ими документе были приведены характеристики политических движений и их лидеров, которые предположительно могли содействовать подрывной деятельности. Большой Сантьяго был разделен на четыре сектора, которые надлежало поставить под контроль в результате операции, выполненной молниеносно, столь неожиданно и с таким натиском, чтобы возможный противник даже не успел оказать сопротивления армии. План по каждому сектору, фотографии ведущих деятелей Народного единства, расчеты и аналитические разработки — все свидетельствовало о тщательности, с которой была проделана эта работа. То же самое, как потом выяснится, было сделано Генеральным штабом в общенациональном масштабе. Подготовка армии и авиаций к военным смотрам и параду в связи с приближающимся 18 сентября — Днем национальной независимости сопровождалась усиленной муштрой, концентрацией солдат в казармах, приведением вооруженных сил в состояние полной боевой готовности.
Для сохранения контроля над положением в стране президент Альенде 9 августа 1973 г. реорганизовал правительственный кабинет, включив в него командующих всеми видами вооруженных сил и генерального директора корпуса карабинеров.
Однако сложившаяся ситуация заметно отличалась от прошлогодней. Позиции конституционалистов Пратса и Монтеро ослабли. Второе по должности лицо на флоте Хосе Ториблио Мерино вместе с командующим морской пехотой Серхио Уидобро нанесли Монтеро визит "от имени военно-морского совета" и предложили ему подать в отставку с поста главнокомандующего морскими силами. Против вхождения Пратса в состав нового кабинета высказались армейские генералы из "комитета 15", созданного после "танкового мятежа" и включавшего по пять генералов от трех видов вооруженных сил.
Первым, от кого путчистам удалось избавиться, был Сесар Руис. Он занимал двойственную позицию. Руис не был доволен правительством, но, как он заявил на первом заседании "комитета 15", не хотел брать на себя ответственность за совершение военного переворота. Если дело дойдет до этого, говорил Руис, он предпочтет отставку. Он был против того, чтобы входить в правительство, но все же сделал это, последовав примеру Пратса и Монтеро. Теперь в качестве министра общественных работ и транспорта Руис оказался не в состоянии добиться прекращения забастовки владельцев грузовиков. Пробыв министром десять дней, он подал в отставку. Когда Альенде предупредил Руиса, что тогда ему придется оставить и пост командующего военно-воздушными силами, он ушел с обоих постов. Два дня спустя министром общественных работ и транспорта был назначен генерал Умберто Маглиокетти, а командующим военно-воздушными силами — генерал Густаво Ли, тайный сообщник Пиночета; это укрепило контроль заговорщиков над военной авиацией.