Один случай, произошедший в то время, демонстрирует уважение, которое испытывал к нему монгольский завоеватель. Некто Джамал ад-Дин, который принимал участие в интригах против Аргуна, вручил Хулагу список чиновников, против которых он намеревался выдвинуть обвинения перед лицом Великого хана. Хулагу тут же ответил, что это дело мог решить сам Аргун. Затем, заглянув в список и увидев там имя Джувейни, он добавил: «Если есть против него какое-то обвинение, пусть о нем будет доложено в моем присутствии, чтобы сейчас же разобраться с этим делом и принять решение». После этих слов Джамал ад-Дин отказался от своего обвинения и в смущении удалился.
Огромное войско переправилось через Окс и двигалось через Хорасан, где на пути им попался город Хабушан (современный Кучан), «который лежал в развалинах и руинах со времени первого вторжения монгольской армии до самого того года, с домами, покинутыми жителями, и колодцами (
Наконец, поздней осенью 1256 г. монголы собрались со всех сторон у цитадели ассасинов — Аламута, «орлиного гнезда», расположенного к северо-востоку от Казвина. Рукн ад-Дин, последний слабый преемник грозного Хасана-и-Саббаха, надеялся выиграть время, рассчитывая, что зимой снег станет его союзником и сделает осаду невозможной; однако еще долго стояла не по сезону мягкая погода, и в середине ноября он решил сдаться. Перед этим он испросил себе
Завершив разрушение Аламута, Хулагу приступил к осуществлению своей следующей задачи — завоеванию Багдада и свержению халифов из династии Аббасидов. О том, как Алау, Великий Господин Татар, захватил город Баудак и уморил голодом халифа в «башне, наполненной золотом, серебром и другими сокровищами», можно прочитать у Марко Поло. Более вероятным представляется, однако, что несчастный халиф был завернут в ковер и до смерти забит палками, поскольку именно так монголы казнили собственных принцев. Тем не менее, версия Марко Поло о том, что перед смертью халиф встречался с Хулагу, очень близка к рассказу знаменитого персидского философа Насир ад-Дина Туси, находившегося на службе у ассасинов, а затем сопровождавшего Хулагу в Багдад.
Джувейни также сопровождал завоевателя, и через год, в 1259 г., Хулагу назначил его правителем всех территорий, находившихся в непосредственном подчинении халифам, т.е. сам Багдад, Арабский Ирак, или Нижнюю Месопотамию, и Хузистан. В 1265 г. Хулагу умер, однако при его сыне Абаке Джувейни сохранил свое положение, хотя номинально и являлся заместителем монгола Сугунчака. Он управлял этой огромной провинцией двадцать лет, и за это время многое сделал для улучшения положения крестьян. По его инициативе был прорыт канал от Анбара, расположенного на берегу Ефрата, до Куфы и священного города Наджафа, а на его берегах основано 150 деревень, и, хотя и с некоторым преувеличением, утверждалось, что при нем страна достигла такого процветания, какого не знала и при халифах.