За четыре года войны в институте были созданы три новые лаборатории и проведено 12 циклов усовершенствования врачей. На протяжении всех военных лет Институт имени Пастера продолжал проводить подготовку и усовершенствование врачей — бактериологов и эпидемиологов. Только на пастеровской станции в 1942–1944 годах стажировались 12 врачей — заведующих пастеровскими пунктами, а всего за период войны в институте прошли переподготовку 107 врачей, и на курсовых занятиях отучилось более 700 человек, для которых были организованы 32 специальных цикла занятий по повышению бактериологической и эпидемической квалификации.
История продолжается
После окончания Великой Отечественной войны научная деятельность активизировалась, и в 1950-1960-е годы Институт имени Пастера вошел в число ведущих мировых научно-исследовательских учреждений по проблемам кишечных инфекций, детских бактериальных инфекций, полиомиелита и энтеровирусных инфекций, респираторных вирусных инфекций и природно-очаговых инфекций. С 1963 года Институт начал участвовать в программах Всемирной организации здравоохранения в области профилактики и лечения инфекционных заболеваний в странах Азии, Африки и Латинской Америки.
В 1970-е и 1980 годы институт стал лидером в области вакцинопрофилактики гриппа и инициатором программы ревакцинации против кори. Сотрудники этого научного учреждения впервые в СССР смогли выделить и идентифицировать возбудителей нескольких принципиально новых инфекций вирусной и бактериологической природы, в том числе геморрагической лихорадки с почечным синдромом.
В 1993 году была подписана декларация о приеме Санкт-Петербургского научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии имени Пастера в Международную Сеть институтов Пастера в качестве постоянного члена. В настоящее время в эту сеть входят 33 института, работающих на пяти континентах в 26 странах мира. Российский институт сотрудничает с парижским и другими институтами Международной Сети институтов Пастера по самым актуальным современным проблемам микробиологии, эпидемиологии, вирусологии и иммунологии, в том числе в рамках программ ликвидации и элиминации инфекционных болезней, а также принимает активное участие в программах международного сотрудничества.
В настоящее время в структуру Санкт-Петербургского НИИ эпидемиологии и микробиологи имени Пастера входят 15 научных лабораторий, 4 отдела, на базе которых действуют две Субнациональные лаборатории ВОЗ по диагностике полиомиелита, кори и краснухи, два референс-центра, научно-методический центр по эпидемиологическому надзору за вирусными гепатитами, региональные центры по эпидемическому надзору, Северо-Западный Окружной центр по профилактике и борьбе со СПИД, а также Испытательный лабораторный центр, Медицинский центр, издательство и опытно-промышленное производство, выпускающее широкий спектр диагностических препаратов и селективных питательных сред для культивирования микроорганизмов. На базе Института в настоящее время действует одно из активнейших отделений Всероссийского научно-практического общества эпидемиологов, микробиологов и паразитологов (ВНПОЭМП) — отделение по Санкт-Петербургу и Ленинградской области.
Институт в целом выполняет функции научно-методического центра по мониторингу за возбудителями инфекционных заболеваний в Северо-Западном федеральном округе и работает в тесном и постоянном взаимодействии с санитарно-эпидемическими службами, органами здравоохранения, службой по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека.
1910 — лаборатория получила статус Бактериологического и Диагностического Института, который в 1911 году был переименован в Санкт-Петербургский Частный Бактериологический и Диагностический Институт.
1922 — институт национализирован и преобразован во Вторую Городскую лабораторию, в составе которой было четыре отдела: химический, бактериологический, диагностический, вассермановский.
1923 — учреждение преобразовано в Петроградский Бактериологический и Диагностический Институт, который вскоре был переименован в Петроградский Бактериологический Институт имени Пастера.
1931 — Петроградский Бактериологический Институт имени Пастера был присоединен к Институту экспериментальной медицины и перестал функционировать как самостоятельное учреждение. На базе этих учреждений в 1932 создан Ленинградский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера.
1991 — учреждение переименовано в Санкт-Петербургский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Пастера.
1993 — подписана декларация о приеме Санкт-Петербургского научно-исследовательского института эпидемиологии и микробиологии имени Пастера в Международную Сеть институтов Пастера в качестве постоянного члена.