В послевоенные годы институт сохранил статус центрального учреждения эпидемиологического профиля во всей азиатской части страны. В конце 1940-х годов ведущим направлением научно-исследовательской деятельности стало изучение заболеваний с природной очаговостью, в том числе клещевого энцефалита. Исследование томского очага клещевого энцефалита привело к получению новых знаний о свойствах вируса и его резервации в организме лесного клеща и ряда диких животных, что внесло важный вклад в решение проблемы клещевого энцефалита.
В 1953 году институт был переведен в союзное подчинение, включен в группу бактериологических институтов и получил название «Томский научно-исследовательский институт вакцин и сывороток Министерства здравоохранения СССР (ТомНИИВС)». В 1958 году началось строительство производственного комплекса института, который возводился с учетом всех современных требований к производству вакцин и сывороток и вошел в строй в 1965 году. Это позволило расширить и научную часть института, которая получила необходимые дополнительные площади за счет помещений, ранее занимаемых производством. В 1965–1966 годах был окончательно определен профиль Томского НИИ вакцин и сывороток как института вирусных препаратов, анатоксинов, антитоксических сывороток и гамма-глобулинов.
К своему 70-летнему юбилею, который отмечался в 1974 году, Томский НИИВС стал крупнейшим научным центром на территории Сибири и Дальнего Востока. Кроме научно-исследовательского института, в котором работало 9 лабораторий, в его составе были промышленное предприятие по производству бактерийных и вирусных препаратов, в котором функционировало 22 производственных цеха и отдела, и питомник лабораторных животных. На тот момент в институте работало более 1100 человек, в том числе 5 докторов и более 40 кандидатов наук.
К 1981 году Томский НИИ вакцин и сывороток стал основным в стране производителем вакцины против клещевого энцефалита и центром исследований по ее усовершенствованию. Ежегодно предприятие производило 5 млн доз культуральной инактивированной сорбированной вакцины против клещевого энцефалита.
С 1983 года технология производства такой вакцины претерпела значительные изменения: она начала производиться на основе дальневосточного штамма вируса клещевого энцефалита «205». Были также внесены коррективы в режимы культивирования вируса, и с 1984 года начался выпуск нового варианта вакцины против клещевого энцефалита. Новый препарат, полученный на основе штамма «205» вируса клещевого энцефалита, имел стабильно высокую иммуногенность: частота образования антител у привитых достигала 89,5 %. Высокая репродуктивность штамма обеспечивала экономически эффективное промышленное масштабирование технологического процесса.
На протяжении многих лет производимая предприятием вакцина была основным препаратом для профилактики клещевого энцефалита в нашей стране. Ее массовое применение позволило снизить заболеваемость клещевым энцефалитом и уменьшить количество тяжелых осложнений и инвалидизации, а профилактическая вакцинация в группах профессионального риска по клещевому энцефалиту помогла добиться снижения заболеваемости клещевым энцефалитом в этих группах до единичных случаев. Это стало большим достижением российских вирусологов, и данная вакцина применялась в здравоохранении нашей страны до 2000 года, а затем на смену ей пришла более безопасная и эффективная вакцина от клещевого энцефалита нового поколения «ЭнцеВир», которая в настоящее время выпускается в двух вариантах — для взрослых и для детей возрасте от 3-х лет.
Впервые вакцина против клещевого энцефалита была разработана в Томском НИИ вакцин и сывороток в 1954 году на основе штамма «Софьин». Технология производства препарата совершенствовалась: в 1962 году было освоено культивирование вируса на клетках фибробластов эмбриона курицы, и был внедрен штамм «Пан». В 1983 году культуральная вакцина стала выпускаться на основе штамма вируса клещевого энцефалита «205» дальневосточного антигенного типа. С 2001 года НПО «Вирион» перешло на производство новой усовершенствованной вакцины ЭнцеВир®
— концентрированного очищенного препарата, отвечающего современным международным требованиям. В настоящее время ЭнцеВир® успешно применяется на всей территории Российской Федерации.НПО «Вирион»