Многие достижения ученых института заслужили международное признание, а разработка препарата фосфазид (Никавир) для лечения СПИДа, который обладает меньшей токсичностью в сравнении с аналогом и к которому в значительно меньшей степени формируется лекарственная устойчивость, была удостоена Государственной премии Российской Федерации.
В последнее десятилетие в институте были получены важные результаты исследования вируса гепатита С, который имеет более 10 генотипов различной патогенности. Ученые определили, что в разных регионах доминируют разные генотипы вируса гепатита С, и результаты очень дорогого лечения каждого больного зависят от генотипа вируса, вызвавшего заболевание у конкретного пациента. Данная разработка позволяет более точно прогнозировать течение болезни и назначать оптимальный курс ее лечения, а также открывает широкие перспективы для создания вакцины против гепатита С.
На базе Института вирусологии создан Центр экологии возбудителей, в котором проводятся работы по изучению неизвестных и возвращающихся инфекций. Ученые института совместно со специалистами-практиками разработали особую методику проведения мониторинга территорий с различными экосистемами с использованием методов молекулярной экологии и эпидемиологии, которая позволяет выявлять потенциальную опасность возникновения эпидемических ситуаций в различных регионах и ландшафтах нашей страны: в тундре, тайге и лиственных лесах Европейской части России. На основе проведенных исследований был составлен «Атлас распространения возбудителей природно-очаговых вирусных инфекций на территории Российской федерации».
Своевременное выявление очагов вирусных инфекций, передаваемых насекомыми (комарами и клещами), которые вызывают вспышки таких заболеваний как энцефалиты, летние гриппоподобные менингиты и менингоэнцефалиты, является очень важной задачей, так как нефтяники, шахтеры, газовщики и другие специалисты по добыче основных богатств нашей страны — полезных ископаемых из недр земли, подвергаются высокому риску заражения опасными вирусами природного происхождения. За проведение этой работы группа сотрудников Института вирусологии удостоена Государственной премии Российской Федерации.
Сегодня специалисты института проводят мониторинг циркуляции вирусов гриппа среди людей в основных точках Северной Евразии, что позволяет отслеживать угрозы появления новых наиболее опасных вирусов и своевременно принимать соответствующие меры для предотвращения развития пандемии. Для этой цели в институте организована группа быстрого реагирования на возникающие эпидемические ситуации, которая занимается сбором биологического материала в очагах появления инфекции и быстрой идентификацией возбудителя, выделяет вирус и закрепляет его в клеточных культурах, всесторонне изучает его чувствительность или устойчивость к лекарственным препаратам, выявляет характеристики вируса и готовит рекомендации для органов здравоохранения по профилактике и лечению заболевания, вызванного данным штаммом вируса гриппа. Ученым института удалось изолировать все 15 известных вирусов гриппа. По результатам работы были подготовлены экспертные тест-системы для диагностики и изоляции вируса, выявления и генотипирования вирусной РНК, а также проведены испытания антивирусной активности доступных лекарственных препаратов. Полученные данные используются также и для подготовки вакцинных штаммов.