С момента организации Института вирусологии в 1944 году на его базе действует Государственная коллекция вирусов II–IV групп патогенности. В ней хранится генофонд вирусов, собранных на территории России во время полевых расследований вспышек инфекционных заболеваний (в том числе особо опасных) и полученных из-за рубежа. Вирусы, хранящиеся в Государственной коллекции, используются для разработки современных диагностических препаратов, сывороток, антигенов и генетического материала для экспресс-индикации, диагностики и идентификации вирусов при новых вспышках инфекционных заболеваний неясной этиологии, а также для проведения доклинических испытаний противовирусных препаратов и дезинфектантов, для селекции вакцинных вариантов вирусов и оценки эффективности вакцин против вирусных инфекций, которые разрабатываются и производятся в настоящее время. Вирусы из Государственной коллекции нужны также и для изучения истории возникновения, эволюции и изменчивости эпидемических штаммов вирусов.
Образцы вирусов из коллекции поставляются в различные НИИ и вирусологические лаборатории России, которые имеют официальное разрешение на работу с патогенными вирусами и занимаются разработкой, совершенствованием и контролем качества диагностических и профилактических препаратов и тест-систем.
Государственная коллекция вирусов на базе Института вирусологии выполняет и ряд прикладных задач. Разрабатывает и издает рекомендации по оптимальным условиям консервации и длительного хранения штаммов, патентует штаммы, пригодные для практического использования, участвует в разработке специфических вакцин и сывороток на основе штаммов из коллекции, а также обеспечивает российские вирусологические лаборатории коллекционными штаммами вирусов для совершенствования профилактики, диагностики и лечения вирусных инфекций.
В 2005 году в составе Государственной коллекции вирусов была организована лаборатория, которая проводит приоритетные исследования по проблемам вирусного гепатита С, изучает биологические свойства активных штаммов вируса гепатита С, разрабатывает диагностические препараты и тест-системы для скрининга противовирусных соединений и профилактические препараты для борьбы с этим опасным вирусом. Кроме того, лаборатория принимает участие в широкомасштабных исследованиях высокопатогенного вируса «птичьего гриппа» А/Н5N1, занимается разработкой средств для диагностики вируса гриппа типа А и доклиническими испытаниями противовирусных соединений, разработанных для противодействия «птичьему гриппу».
В том же 2005 году на лабораторию экологии и эпидемиологии гриппа Института вирусологи им. Д. И. Ивановского приказом Роспотребнадзора были возложены функции Центра экологии и эпидемиологии гриппа, а с 2008 года лаборатория стала одним из четырех Референс-центров по мониторингу за гриппом в РФ. В настоящее время в лаборатории проводятся исследования по всестороннему изучению различных штаммов вирусов, выявленных в России, с применением самых современных методов, а для получения иммунных сывороток используются животные модели. Специалисты лаборатории занимаются и фундаментальными исследованиями по использованию нанотехнологий для диагностики и профилактики гриппа и ОРВИ.
На лабораторию возложены также функции Национального центра по гриппу, сотрудничающего с ВОЗ. В рамках международного сотрудничества проводится обмен данными по лабораторной диагностике, эпидемическими штаммами вирусов и диагностическими препаратами с Сотрудничающими центрами ВОЗ по гриппу, которые находятся в Лондоне (Великобритания) и Атланте (США).
Основан в 1944 году, в 1950-м институту присвоено имя основоположника вирусологии Д. И. Ивановского.
Первым директором института был профессор А. Т. Кравченко, а первым заместителем директора по научной работе — академик АМН СССР Л. А. Зильбер.
С 1961 по 1987 год Институт вирусологии возглавлял академик АМН СССР В. М. Жданов. Он превратил научно-исследовательский институт в современный научный центр, который вскоре стал известен во всем мире.
В 1987 году директором Института вирусологии был избран академик АМН СССР (позже РАМН, сейчас РАН) Д. К. Львов, а в настоящее время его возглавляет профессор А. В. Пронин.
С момента организации Института вирусологии в 1944 году и по сей день на его базе действует Государственная коллекция вирусов II–IV групп патогенности. При Государственной коллекции вирусов работает лаборатория экологии и эпидемиологии гриппа, на которую с 2005 года возложены функции Центра экологии и эпидемиологии гриппа.