После выхода из Москвы Кутузов скрытно совершил прославленный фланговый Тарутинский манёвр, выведя армию к началу октября к селу Тарутино. Оказавшись южнее и западнее Наполеона, Кутузов перекрыл ему пути движения в южные районы страны.
Потерпев неудачу в своих попытках заключить мир с Россией, Наполеон 7 (19) октября начал отход из Москвы. Он пытался провести армию в Смоленск южным путём через Калугу, где имелись запасы продовольствия и фуража, но 12 (24) октября в сражении за Малоярославец был остановлен Кутузовым и отступил по разорённой Смоленской дороге. Русские войска перешли в контрнаступление, которое Кутузов организовал так, чтобы армия Наполеона находилась под фланговыми ударами регулярных и партизанских отрядов, причем Кутузов избегал фронтального сражения большими массами войск.
Благодаря стратегии Кутузова огромная наполеоновская армия была практически полностью уничтожена. Особо следует отметить, что победа была достигнута ценой умеренных потерь в русской армии. Кутузов в досоветское и послесоветское время подвергался критике за его нежелание действовать более решительно и наступательно, за его предпочтение иметь верную победу в ущерб громкой славе.
Князь Кутузов, по отзывам современников и историков, ни с кем не делился своими замыслами, его слова на публику часто расходились с его приказами по армии, так что истинные мотивы действий прославленного полководца дают возможность различных толкований. Но конечный результат его деятельности неоспорим – разгром Наполеона в России, за что Кутузов был удостоен ордена Святого Георгия 1-й степени, став первым в истории ордена полным Георгиевским кавалером.Наполеон часто презрительно высказывался о противостоящих ему полководцах, при этом не стесняясь в выражениях. Характерно, что он избегал давать публичные оценки командованию Кутузова в Отечественной войне, предпочитая возлагать вину за полное уничтожение своей армии на «суровую русскую зиму». Отношение Наполеона к Кутузову просматривается в личном письме, написанном Наполеоном из Москвы 3 октября 1812 года с целью начала мирных переговоров:
«Посылаю к Вам одного из Моих генерал-адъютантов для переговоров о многих важных делах. Хочу, чтоб Ваша Светлость поверили тому, что он Вам скажет, особенно, когда он выразит Вам чувства уважения и особого внимания, которые Я с давних пор питаю к Вам. Не имея сказать ничего другого этим письмом, молю Всевышнего, чтобы он хранил Вас, князь Кутузов, под своим священным и благим покровом».
В январе 1813 года русские войска перешли границу и к концу февраля достигли Одера. К апрелю 1813 года войска вышли к Эльбе. 5 апреля главнокомандующий простудился и слёг в небольшом силезском городке Бунцлау (Пруссия, ныне территория Польши). По преданию, опровергнутому историками, Александр I прибыл проститься с очень ослабевшим фельдмаршалом. За ширмами около постели, на которой лежал Кутузов, находился состоявший при нём чиновник Крупенников. Последний диалог Кутузова, якобы подслушанный Крупенниковым и переданный гофмейстером Толстым: «