Помогла Ди растущая тревога режима относительно новой испанской Армады. Тайный совет принялся разоружать католиков. Казалось, что пророчество Ди о вторжении всех убедило. Бёрли отмахивался от разведданных своего агента, отрицавшего, что Филипп был способен отправить Армаду тем летом. В октябре Тайный совет сделал то, чего Бёрли добивался с начала царствования Елизаветы, — провёл чистку всех мировых судей–католиков.
Ди продолжал нуждаться, и к осени 1592 г. общая сумма его долгов достигла 833 ф. ст. — во много раз больше годового дохода с приходов, которых он добивался (с. 230). Ещё в июле поставщики прекратили давать Ди в кредит и начали публично стыдить его. К октябрю несостоявшееся предсказание вторжения разрушило политическое влияние Ди. Соответственно, многочисленные враги Рэли при дворе стали обвинять Ди в атеизме: нападки на Ди препятствовали реабилитации опального вельможи. Уитгифт был готов принять эти обвинения всерьёз, и Ди пытался убедить архиепископа в своей ортодоксии: выразил желание, чтобы тот велел опровергнуть две богохульные книги против Христа и святого духа. Однако вышедший трактат Парсонса очернил репутацию Ди ещё больше. Парсонс писал, что, если Рэли войдёт в Тайный совет, пройденная им подготовка в школе некроманта приведёт к изданию прокламации этого «мага» от имени Елизаветы, в которой будет отрицаться божественность и бессмертие души. Получилось, что Бёрли просто использовал Ди против Уитгифта. Вызволив пресвитериан, расстроив переговоры с герцогом Пармским и прижав католиков, лорд–казначей теперь безжалостно отомстил Ди за клевету в Праге о его скупости как покровителя.
Это вынудило Ди написать трактат «Краткое повторение» и обратиться к Елизавете напрямую через голову Бёрли. В указанном сочинении он составил отчёт об оказанных королеве услугах. Несколько страниц Ди посвятил своей международной репутации, но умолчал о рукоположении католическим священником. Живое описание неоднократных обещаний Елизаветы поддержать его философские исследования проливают свет на её интерес к оккультной философии, который постоянно игнорировали её биографы. Изложив свой отчёт двум посланцам королевы, Ди получил от неё подтверждение прав на один из приходов. Также королева прислала Ди 66 ф. ст. (с. 236). Однако вскоре она внезапно охладела к Ди, что объясняется влиянием Уитгифта.
«Отдаление Ди отражало и другие конфликты внутри Тайного совета Елизаветы. Бёрли и Уитгифт сильно расходились по вопросу о том, кто представляет наибольшую угрозу елизаветинской церкви: радикальные протестанты или паписты. Созванному в феврале 1593 г. парламенту предстояло заняться этим вопросом. Там Уитгифт сместил внимание обратно на радикальных протестантов, которые верили в оккультные духовные силы. Уитгифт знал, что Бёрли использовал пророчество Ди об испанском вторжении, чтобы запугать Елизавету с целью заставить её издать его прокламацию. Теперь Уитгифт отомстил. Покинутый Бёрли, Ди пал жертвой постоянных напоминаний Уитгифта об опасностях, которые крылись в толерантном отношении к претензиям на духовное озарение» (с. 237).
В 1593 г. Бёрли в парламенте заявил о планируемом Филиппом II вторжении через Шотландию; слух происходил от его агентов, а не из астрологии Ди. Парламент ужесточил преследования инакомыслящих. Так, клиенты Уитгифта провели «Акт с целью удержать подданных королевы в покорности». Это был первый елизаветинский статут, карающий протестантов за возражения против епископальной церкви. В такой атмосфере репрессий возможностей у Ди делать дальнейшую карьеру при дворе не было. И всё же репутация выдающегося алхимика постепенно выправила его финансовое положение и позволила ему обрести друзей в высших слоях знати. Так, через Ричарда Кэвендиша он познакомился с младшей сестрой графини Уорик — графиней Камберленд. Правда, в декабре 1593 г. Бёрли посадил помощника Ди по алхимическим штудиям Томаса Уэбба в тюрьму, так как тот пытался с помощью алхимии чеканить монеты. Позднее выяснилось, что Уэбб работал на сына Бёрли сэра Роберта Сесила; он был прощён, но отправлен в изгнание в Нидерланды. Этот эпизод показывает, насколько тонкой была грань между философской и практической алхимией, с одной стороны, и алхимическими подделками — с другой.