В феврале 1589 г. Келли с большинством слуг уехал из Тршебоня к Рожмберку, и Ди больше его никогда не видел. Ди ничего не оставалось, как вернуться в Англию. Если он хотел обзавестись новым покровителем, надо было защищать свою европейскую репутацию, а это требовало расходов. Поэтому семья Ди путешествовала в новой карете, а сзади ехали в двух повозках слуги и повозки с библиотекой и скарбом. 9/19 апреля 1589 г. семейство прибыло в Бремен. Использование Ди в дневнике и юлианского и григорианского календаря говорит о его расколотой лояльности. Он ещё надеялся, что Келли передумает и в Англию они вернутся вместе. Одновременно Ди пытался снискать расположение Уолсингэма, собирая сведения о положении в Нидерландах. Так, он доносил о «великом предателе» Кристофере Паркинсе — иезуите, которого Рим якобы послал убить Елизавету. Одно это донесение должно покончить со старым ложным слухом о том, что Ди выступал для Уолсингэма шпионом. На деле Паркинс к тому времени покинул орден иезуитов и по сути был дипломатическим представителем Елизаветы в Германии, Польше и Богемии. Не дождавшись Келли, Ди с семьёй в декабре 1589 г. (по юлианскому календарю) вернулся в Англию, прожив в Европе более шести лет.
Пока была жива Елизавета, Ди мог искать её покровительства. 9 декабря 1589 г. он получил аудиенцию и пожаловался на разграбление своей библиотеки в Мортлэйке. Тайный совет назначил комиссию с целью помочь отыскать книги и материалы. Также Ди упомянул, что не в состоянии отпраздновать Рождество, и Елизавета обещала выдать ему 100 ф. ст. Получил он, что характерно, лишь 50 (с. 205). Кроме того, королева велела Бёрли просить архиепископа Кентерберийского Джона Уитгифта[431]
найти Ди какую–нибудь синекуру в церкви. Её щедрость говорила не столько о её оценке самого Ди, сколько о надежде убедить вернуться Келли. Через пять дней Ди с беременной Джейн вернулись в свой разорённый дом без мебели и с пустыми алхимическими лабораториями; в библиотеке не хватало более 500 книг (с. 206).В то же время, к несчастью для Ди, в апреле 1590 г. умер Уолсингэм, а через три дня — граф Уорик. Лестер скончался ещё в 1588 г. Эти смерти переменили политическую конфигурацию елизаветинского двора, лишив Ди могущественных покровителей как раз в то время, когда война, экономический кризис и финансовые проблемы короны весьма обострили конкуренцию за сокращавшиеся в размерах вознаграждения. «Надежды на покровительство Ди теперь возлагал главным образом на пожилого и замученного работой Бёрли, который ничего не забыл, включая критику Ди в его адрес в Праге. Надеждам Ди на продвижение предстояло разбиться и об осторожное приспособление лорда–казначея к новому порядку в государстве и церкви. Пока Ди был за границей, двор преобразила глубокая культурная контрреволюция. Частично она была нацелена на то, чтобы запретить оккультную философию, которую представлял Ди» (с. 206).
Прошедшая по стране сознательная консервативная кампания меняла культуру позднеелизаветинской Англии. Коренилась эта кампания в церковной политике, последствия шторой для последнего периода жизни Ди ранее не изучались. Ещё в 1576 г. Бёрли поощрял подъём сэра Кристофера Хэттона как фаворита королевы в противовес Лестеру. Хэттон сохранил её доверие, так как разделял её стремление добиваться покорности населения елизаветинской церкви, основанной в 1559 г. По мере подъёма Хэттона надежды на дальнейшую реформу церкви увядали. Позиция назначенного под его влиянием Уитгифта позволила другим противникам реформ осудить стремление радикальных протестантов к «популярности» посредством духовного озарения. Так, в 1584 г. вышел трактат Реджиналда Скота «Открытие ведовства [и] мошенничество колдунов». Как и другие конформисты, Скот стремился маргинализовать пресвитерианство, связав претензии пресвитериан на духовное озарение с политически подозрительными формами магии. Скот утверждал, что бог открывает будущее «мудрым, богатым, учёным», а не беднякам. Чудеса и пророчества, по его мнению, закончились ещё с апостолами, а все откровения ангелов после Христа — надувательство. Скот обрёл большое влияние на консервативное духовенство, лидером которого выступал Уитгифт. Книги бывших учеников Ди — Джона и Ричарда Харви — демонстрируют растущее давление консерваторов с целью покончить с тем типом пророческой политики, каким занимался их учитель. Так, Джон Харви в 1588 г., хотя и защищал «естественную магию», осудил магию ангельскую. Ричард мешая консервативную астрономию с политикой, предсказывал, что, если пресвитериане получат власть, королевство погрузится в «анархию, с движущейся Землёй по Копернику» (с. 209). Как коперниканцы, по его мнению, подорвали естественный порядок небес, так пресвитериане угрожали «посадить дураков на коней, а королей — спешить» (с. 209).