Считая свои позиции в Богемии упрочившимися, Ди съездил в Саксонию — в знаменитые стекольные заводы в Фалькенау, где производили алхимическое оборудование. Заехал он и в Лейпциг, где надеялся найти ответы из Англии на свои письма. Не найдя ответов, Ди написал Уолсингэму. Он осторожно обошёл тему своего примирения с Римом, намекал на существование католического союза против Англии и выставил себя жертвой папской тирании. В самом деле, в мае 1586 г., по возвращении Ди и Келли в Прагу, они узнали, что новый нунций Филиппо Сега осудил их перед Рудольфом за ересь, «некромантию и другие запрещённые искусства». Рожмберк вмешался слишком поздно, император уступил давлению папы и 29 мая объявил о высылке англичан. Сега настаивал, чтобы их отправили в Рим, но Рудольф не мог отменить своего указа и англичанам было просто предписано в шесть дней покинуть владения Габсбургов.
Более того, были разосланы предупреждения против «религиозных нововведений» Ди. Власти Эрфурта в Тюрингии отказались позволить Ди с Келли остановиться в этом городе. Тогда они прибыли в Кассель к ландграфу Вильгельму IV[428]
, который переписывался с коллегами Ди на темы натурфилософии и покровительствовал математикам. В это время ландграф и его группа учёных были погружены в наблюдения за Солнцем и звёздами, используя усовершенствованные инструменты астронома Тихо Браге[429]. В конечном счёте они занесли в каталог тысячу звёзд. К алхимии и философскому камню Вильгельм проявлял меньше интереса. К счастью для Ди, Рожмберк убедил Рудольфа позволить англичанам пожить в его собственных имениях в Южной Богемии. Следующие два года они в основном провели в Тршебоне, где возобновили вызывание ангелов. Последние теперь пытались заинтересовать политическими перспективами Рожмберка. Продолжали англичане заниматься и алхимией. В декабре 1586 г. купец английской Московской компании Эдуард Гарленд передал Ди предложение царя Фёдора[430] поступить к нему на службу. Ди отклонил его, но Келли продемонстрировал Гарленду и его брату Фрэнсису философский камень, который якобы превратил унцию с четвертью ртути в почти унцию золота. Ди и Келли надеялись, что Фрэнсис Гарленд сообщит об этом Бёрли и Уолсингэму.По мере продвижения алхимической работы Рожмберк всё большую долю материального вознаграждения давал Келли, а Ди доставалась всё меньшая. Между тем ангелы сообщили Келли: чтобы избавиться от бездетности, он должен поменяться с Ди жёнами. В мае Ди, Келли, Джейн Ди и Джоан Келли подписали соответствующий договор. А вскоре ангелы повторили, что бог в скором времени посетит землю, причём Ди и Келли — «избранники этих последних дней». Обещалось, что через десять месяцев Московия и Татария объединятся и нападут на Польшу, Богемию, Германию и Италию, а через два года Рим будет уничтожен и на севере поднимется Антихрист.
Между тем Елизавета, Бёрли и Уолсингэм стали зазывать Келли обратно в Англию — изготовлять золото перед лицом надвигающейся испанской угрозы. Ди попадал во всё большую зависимость от алхимических способностей Келли, а тот все больше вытеснял его из фавора Рожмберка. Растущие опасения по поводу маргинализации своей роли Ди записывал в дневнике, причём всё более сложным шифром: сначала греческими буквами по–английски в обычном порядке, потом так же, но справа налево, после чего греческими буквами уже по–латыни. «В довершение всего к концу 1587 г. Ди обнаружил, что оказался в непростом положении, раздираемый двумя лояльностями. Келли всё больше искал покровительства Рожмберка и Рудольфа. Те игнорировали Ди, который хотел вернуться в Англию, но сознавал, что появиться там без алхимических навыков Келли будет бессмысленно. Он никогда не был в состоянии контролировать Келли, а тот больше в нём не нуждался. Поэтому, когда Келли в начале 1589 г. наконец дал ему отставку, исключив из общих алхимических занятий, Ди мог лишь оттягивать возвращение в Англию, надеясь, что Келли присоединится к нему» (с. 200). Уже в октябре 1587 г. Келли, поддержанный женой, заявил своим слугам, что Ди водится с дьяволом. В феврале 1588 г. у Джейн родился сын, но было непонятно, от Ди или от Келли; поэтому его назвали Теодор, «Дар божий».
В ноябре 1587 г. Фрэнсис Гарленд привёз Келли письма от Эдуарда Дайера и Ричарда Янга с повелением королевы вернуться в Англию. В июле двоих англичан посетил сам Дайер. То, что он съездил на континент в разгар подготовки к отражению Армады, показывает, насколько серьёзно Елизавета и Бёрли воспринимали алхимию Келли.