Монастырь стал опорой русской крестьянской колонизации Зауралья. Ему приходилось выносить все трудности первопроходца. Братия терпела голод и нищету: в этих краях не от кого было ждать щедрых пожертвований. Монахи всё делали сами – растили хлеб и возводили храмы. На монастырь не раз нападали кочевники. В 1662 году, во время восстания Сары Мергена, башкиры пронеслись по Исети, разорили Катайский острог и слободы и сожгли обитель дотла. Старец Далмат и его сын Исаак возродили монастырь. К 1665 году в нём были уже две деревянные «щипцовые» церкви, братские кельи и амбары; их окружили бревенчатыми стенами-городнями с боевыми башнями. Воевода Годунов включил монастырь в свою Засечную черту как вполне надёжную крепость, однако эта Засечная черта не была достроена.
В 1680 году при Далматовском мужском монастыре был учреждён женский Введенский. Он находился рядом, в Рафаиловском бору. Там было 27 монахинь. Старица Ирина возглавила обитель и управляла ею 50 лет.
Далматовские игумены оказались людьми непростыми. Исаака власти подозревали в сочувствии расколу. Его подвергали осуждению, целый год он провёл на покаянии в Енисейске. Но потребности хозяйства вынуждали его укрывать и беглых крестьян, и старообрядцев: в 1684 году на монастырских землях прибыльщики нашли тайную деревню раскольников. Зато монастырь богател. Он продавал хлеб, рыбу, мясо, холсты и шерсть; он обзавёлся торговыми подворьями в Тобольске, Шадринске и на Ирбитской ярмарке.
КАМЕННАЯ КРЕПОСТЬ ДАЛМАТОВСКОГО МОНАСТЫРЯ БЫЛА ДОСТРОЕНА ОЧЕНЬ ВОВРЕМЯ. ЗИМОЙ 1763 ГОДА В ВОТЧИНАХ МОНАСТЫРЯ ВСПЫХНУЛ БУНТ, КОТОРЫЙ ПОЛУЧИЛ НАЗВАНИЕ «ДУБИНЩИНА». МОНАХИ УКРЫЛИСЬ ЗА СТЕНАМИ И ОТСТРЕЛИВАЛИСЬ ИЗ ПУШЕК. А В 1774 ГОДУ МОНАСТЫРЬ ОСАДИЛИ ПОЛЧИЩА ОДНОГО ИЗ АТАМАНОВ ПУГАЧЁВА. ПУГАЧЁВЦЫ АРТИЛЛЕРИЕЙ РАЗРУШИЛИ ВОРОТА ОБИТЕЛИ И РИНУЛИСЬ НА ПРИСТУП, НО МОНАХИ ОТБИЛИСЬ, А ПОТОМ ЕЩЁ МЕСЯЦ СИДЕЛИ В ОСАДЕ, НО НЕ СДАЛИСЬ
Исаака не раз отстраняли от руководства монастырём. В семидесятых годах игуменом был отец Афанасий, духовный сын Исаака. При нём обитель была сотрясена скандалом со «строителем» (завхозом) Никоном, который пустился в хитрости с монастырскими вкладами и, в конце концов, получил удар ножом от разгневанного крестьянина. А сам отец Афанасий уехал в столицу, где разоблачал раскольников и спорил до драки с самим Никитой Пустосвятом. В 1682 году Афанасий стал архиепископом Холмогорским. Он участвовал в обороне Архангельска от шведов и в строительстве кораблей для Петра I; он боролся с расколом на Русском Севере, возводил каменные храмы, писал книги, собирал библиотеку и даже организовал обсерваторию. Возможно, Афанасий составил Далматову монастырю протекцию у царя, поскольку обитель на Исети пользовалась необъяснимыми милостями Петра.
В 1685 году игуменом вновь назначили Исаака. К началу XVIII века обитель окрепла настолько, что Исаак решил начать каменное строительство, как на Верхотурье, в Тобольске и Тюмени. Дальновидный игумен сделал ставку на горные заводы Урала, вернее, на Демидовых. Исаак наладил с ними бартер. Монастырь отправлял заводчикам провиант для рабочих, а взамен получал необходимое железо и колокола. В монастыре появился отдельный амбар, где хранился хлеб для Демидовых. Работы в Далматовском монастыре по размаху уступали в Сибири только строительству Тобольского кремля.
В 1705 году заложили Успенский собор. Главного зодчего – ярославца Ивана Сороку – Исаак переманил из Верхотурья. Однако дело продвигалось туго. По обители прокатились два сокрушительных пожара, а потом на пепелище напали башкиры, и владыка Исаак руководил защитой горелого пустыря. В 1713 году Сорока бросил всё и ушёл, Исаак отыскал ему замену – зодчего Якова Смирных. В 1714 году Пётр во имя Петербурга запретил в России любое каменное строительство, но Исаак каким-то образом сумел добиться исключения для своей обители. Собор освятили в 1720 году.
Это был первый двухэтажный храм за Уралом. Построенный «в три света», он имел «крещатое» венчанье на пять глав. Его украшал затейливый декор: «жучковый» орнамент, колонки с перехватами, наличники «медвежьи ушки», завитковые очелья, килевидные арки на колокольне и окошки-«слухи» на шатре. Собор сочетал в себе черты поморского стиля, «нарышкинского барокко» и украинских мотивов, привнесённых в Сибирь монахами из Малороссии. Артель, которая возводила храм, так сработалась, что потом её будут приглашать по всей Сибири; «далматовцы» возведут храм Кодского монастыря, церкви в Енисейске, Красноярске и Верхнеудинске.