Между тем появление «Молодой России» имело важные для революционного лагеря последствия. Оно несчастным образом совпало с мощными пожарами, охватившими Петербург, Москву и некоторые губернские и уездные города. Возгорания имели совершенно объективные причины: весна выдалась на редкость засушливая, города, в массе своей, были деревянными, противопожарное оборудование допотопным, – так что последствия виделись совершенно предсказуемыми. Однако властям показалось выгодным связать эти пожары с деятельностью революционеров, в первую очередь со взглядами и высказываниями их вождей. В результате сложной, с элементами провокации и фальсификации интриги полиции удалось не только арестовать, но и отправить в сибирскую ссылку Н.Г. Чернышевского. Революционное движение оказалось обезглавленным, лишившись не просто авторитетного лидера, но и наиболее трезвомыслящего радикала-просветителя.
Свято место, как известно, пусто не бывает. На смену ему пришли люди, называвшие себя последователями Николая Гавриловича, но опиравшиеся только на те его высказывания и выводы, которые полностью совпадали с их собственными представлениями о социалистическом будущем России. Во второй половине 1863 г. в Москве начал складываться кружок поволжских студентов. Посетивший вскоре старую столицу землеволец В.В. Чуйко уверил их в том, что в землевольческих организациях состоит до 8 тысяч человек (согласно исследованиям историков, эту цифру можно смело уменьшить в 40 раз). Поверив его словам, кружок поволжских студентов объявил себя одной из землевольческих ячеек, а во главе его встал Н.А. Ишутин. Тогда же Чуйко посоветовал студентам заводить различные ассоциации и артели.
Момент образования кружка оказался переломным для революционного движения в России. К 1863 г. стало ясно, что вопрос о крестьянской революции самой жизнью отодвинут на неопределенное время. Прокламационные удары и наскоки потеряли всякий смысл – на первое место вышла задача сближения с народом «путем общения и разделения с ним труда и быта». Ради этого предстояло наладить прочные связи с другими объединениями радикальной молодежи как в Москве, так и за ее пределами, вплоть до польского подполья. Таким образом, ишутинский кружок, возникнув как землевольческая ячейка, вскоре сделался центром притяжения московских и периферийных объединений молодежи.
Ишутин оказался человеком решительным, но склонным к фантазиям и мистификациям. Он намеревался добывать необходимые для деятельности кружка средства в виде пожертвований от сочувствующих, а также другими возможными и невозможными средствами, не исключая грабежа и воровства. Ишутин вообще был неистощим на самые немыслимые планы и задумки, предлагая зачем-то подготовить взрыв Петропавловской крепости или отворить двери московских острогов и устроить мятеж с помощью выпущенных из них уголовников. Однако прежде всего он постарался подчинить себе членов кружка, желая бесконтрольно распоряжаться их судьбами. Один из ишутинцев, В.Н. Шаганов, вспоминал, как товарищи «прямо требовали, чтобы я не смел жениться на девушке, которую я люблю, и чтобы совсем оставил ее, а то это измена делу…».
Когда другой кружковец, А.П. Полумордвинов, имел неосторожность возражать на какое-то предложение Ишутина, раздались голоса, требовавшие его убить, так как он, будучи не согласен с лидером, нарушает необходимую субординацию, слишком много знает, а значит, может быть опасен для их общества. Студенты-ишутинцы всерьез обсуждали проблему: должен ли порядочный человек заниматься наукой, поскольку люди, погрузившись в академические занятия, якобы забывают о нуждах народа. Создаваемое ими тайное общество Ишутин назвал «Организацией» и уже на этой стадии подумывал о разделении ее членов на «рыболовов» и «охотников». Первые должны были вести пропаганду и «вылавливать» будущих агентов «Организации», вторые делались террористами-смертниками, готовыми стрелять в «дрофу», то есть в царя.
Во главе «Организации» должен был стоять «президент», наделенный неограниченной властью над ее членами. Общество мыслилось как охватывающее ряд губерний Российской империи (чуть позже у него появилось два центра – Московский и Петербургский. При этом второй все же подчинялся первому). Под началом столичных членов «Организации» состояли члены губернские, ведущие пропаганду в народе и среди молодежи. Все без исключения члены «Организации» находились под сильнейшим влиянием романа Чернышевского «Что делать?», ставшего для ишутинцев подлинным компасом в бурном море жизни. Пытаясь на практике осуществить завещанное мыслителем-социалистом, они начали заводить ассоциации и артели, видя на тот момент именно в них главное средство борьбы с несправедливым социально-экономическим и политическим строем.