За эти труды Иван Александрович был награжден почетной медалью Русского географического общества, которая вдохновила его на новые свершения. В 1864–1865 гг. он издает два выпуска «Рассказов о старинных людях» и «Самоучитель для начинающих обучаться грамоте». Самоучитель, кстати, заслужил высокую оценку Герцена, заметившего: «Превосходно составленный учебник, то есть из ряда вон». В начале 1866 г. в свет вышли «Рассказы о великих людях средних и новых времен». Ученая карьера нашего героя вроде бы шла в гору, но в апреле 1866 г. его жизнь круто изменилась.
Дело в том, что годом ранее, во время очередного визита в Москву Худяков, уже бывший членом небольшой революционной группы, познакомился с Ишутиным и членами его «Организации». На встрече речь пошла об объединении московского и петербургского подполья с целью укрепления революционных сил. Летом 1865 г. Иван Александрович уехал за границу, чтобы установить связи с радикальной эмиграцией. Герцен показался ему малоинтересным представителем либералов 1840-х гг., а вот с «молодой эмиграцией» – Н.И. Утиным, М.К. Элпидиным, А.А. Серно-Соловьевичем – он сразу нашел общий язык. Во всяком случае, прочные контакты с ней были им установлены, и именно от Худякова ишутинцы узнали о существовании Европейского революционного комитета и о том, что они являются его ветвью в России (речь опять шла о бакунинском Интернационале, создаваемом в противовес I Интернационалу К. Маркса).
Итак, отныне, по словам Г.А. Лопатина: «Он (Худяков
Возражая одному из товарищей, считавшему, что «всякое убийство само по себе преступление, не оправдывающееся никакими целями», Худяков говорил, что в случае с императором оно «извинительно и необходимо», поскольку «государи и их фамилии не так легко откажутся от своей власти». Поэтому во избежание массового кровопролития «лучше пожертвовать жизнью нескольких царственных особ». С другой стороны, внезапный приезд Каракозова в Петербург все же застал его врасплох, да и само намерение убить царя именно в этот момент показалось Худякову преждевременным и плохо подготовленным.
Подобного мнения придерживался не он один. Есть данные, указывающие на то, что товарищи убеждали Каракозова отказаться от покушения до 1869 г., но он был непреклонен. Видя решительный настрой москвича, петербуржцы оказали ему всю необходимую помощь. Может быть, Худякова вдохновляла надежда на то, что: «Если в Петербурге вспыхнет революция, то ни один государь в Европе не усидит на троне. Варшава отделится, Познань и Галиция тоже. Это поведет за собой революцию в Австрии и Пруссии; другие державы не отстанут…» В общем, такая вот перманентная революция, или говоря проще: «Мы на горе всем буржуям мировой пожар раздуем!» На деле же после выстрела 4 апреля 1866 г. следствие быстро вышло на Ивана Александровича и уже 7 апреля он был арестован.
Доказать его активное участие в подготовке покушения Каракозова и вообще в деятельности ишутинского кружка следствию не удалось. Тем не менее он был осужден на вечное поселение в отдаленных местах Сибири. Ивану Александровичу пришлось пережить страшные минуты, когда 4 октября 1866 г. на Смольном поле в Петербурге состоялась мрачная инсценировка гражданской казни революционеров. Ишутин при этом был поставлен на эшафоте в балахоне смертника под петлей виселицы, а остальных привязали к позорным столбам. Ишутину накинули петлю на шею и продержали в таком положении 10 минут. Лишь после этого появился фельдъегерь и огласил «царское прощение», казнь заменили каторгой и пожизненным поселением в Сибири.
Худякову для отбывания наказания был выбран Верхоянск, и якутский губернатор получил приказ о соблюдении строжайшего режима для поднадзорного. Верхоянск – это российский полюс холода, зимой температура здесь доходит до минус 70 градусов по Цельсию. Согласно переписи 1897 г., здесь имелось 59 дворов, в которых проживало 356 жителей, в основном якутов и «объякутившихся» русских. Понятно, что за тридцать лет до этого и дворов, и людей было еще меньше. Почта же в эту глухомань приходила два раза в год и в 1860-х, и в 1890-х гг.