За долгие годы сибирской каторги и селенгинского поселения у братьев Бестужевых образовался огромный архив, состоявший из писем их многочисленных корреспондентов, рукописей Николая Александровича, его рисунков и эскизов, книг и газет, разнообразных минералогических, археологических, этнографических и других коллекций, путевых дневников, журналов метеорологических наблюдений и так далее. Естественно, что будь все это сохранено, архив декабристов мог бы представлять огромную научную ценность.
Однако судьбе угодно было распорядиться иначе. Кузнецов давно искал повода запустить руку в архив Бестужевых и найти там компрометирующие бумаги. Судя по иногда похищаемым письмам, селенгинские поселенцы посылают в Петербург не только сочинения научного характера или собранные коллекции. Готовили они и нечто важное, рассчитанное на подъем общественного мнения. Но что?!
Вскоре тайное стало явным. По воспоминаниям М. А. Бестужева, это произошло в связи с публикацией в одном из заграничных изданий информации о том, что в ближайшее время будут напечатаны «Записки» Бестужевых. Кузнецов воспрянул духом: ну наконец-то он «поймал» «господ государственных преступников» с поличным. Усыпляя бдительность губернских властей, они тем не менее находились в тайном сговоре с заграничными врагами империи. Вот до чего довела беспечность тех, кто по долгу службы должен был осуществлять неусыпный надзор за декабристами: Бестужевы написали какие-то «Записки» явно антиправительственного содержания, которые либо уже лежат в портфеле редакции, либо вот-вот будут посланы из Селенгинска по тайным каналам связи. А вдруг эти «Записки» еще не отправлены — то-то удивится губернское начальство, когда он, Кузнецов, выложит изъятую рукопись им на стол!
Предвкушая победу, городничий начал готовиться к внезапному визиту к Бестужевым. Побаивающийся братьев-декабристов, Кузнецов устроил слежку за усадьбой «государственных преступников», намереваясь произвести обыск на квартире лишь в отсутствие хозяев.
Но его планам вновь не суждено было сбыться. Один из подчиненных Кузнецова тайно дал знать Михаилу Александровичу о планируемой акции. Чтобы «не скомпрометировать в глазах правительства» своих корреспондентов, Бестужевы тут же принялись за уничтожение писем и других рукописей. Именно тогда в топке печи сгорели наполовину написанные «Воспоминания» Михаила Александровича, а также все записки, служившие черновыми материалами.
С этого дня, живя под угрозой внезапного обыска, братья-декабристы держали свой архив под постоянным контролем, периодически уничтожая то, что не предназначалось для полицейских глаз, и прежде всего письма товарищей по борьбе и каторге» По той же причине оказались незавершенными начатые работы по написанию истории событий 14 декабря 1825 года, полной биографии Кондратия Рылеева, созданию портретной галереи и биографий соузников по Петровскому каземату. Объявленные в печати «Записки» Бестужевых (Михаила Александровича) все же были изданы, но это произошло спустя полвека при помощи историка М. И. Семевского и в другом печатном издании.
Архив братьев Бестужевых сильно поредел и тогда, когда их сестры покинули Селенгинск, перебираясь в Москву. Елена Александровна забрала все акварельные портреты декабристов и их конин кисти Николая Александровича. Испытывая большую нужду, она продала часть бесценных работ частным коллекционерам, а основную серию рисунков вручила для публикации известному ревнителю просвещения и издателю К. Солдатенкову. Однако эти рисунки были потеряны и обнаружены спустя полвека декабристоведом И. С. Зильберштейном.
Она же, по предположению Михаила Александровича, забрала и некоторые рукописи умершего брата. Среди них черновики двух капитальных научных трудов Н. А. Бестужева «Система мира» и «Упрощение устройства хронометров». То и другое «не было ни кончено, ни приведено в порядок», однако автор читал в кругу родственников и знакомых довольно большие отрывки, имевшие «полноту целого». Судьба этих интересных трудов декабриста неизвестна.
Впрочем, братья Бестужевы и сами не очень-то хорошо берегли свой архив. Сознательно или невольно, но отдельные документы уничтожались декабристами во время переездов из дома в дом, не говоря уже о тюрьмах и следовании в Селенгинск через Посольск. Много увозилось бесчисленными посетителями гостеприимного дома Бестужевых. «На память почти каждый просил чего-нибудь, и мы с братом без оглядки раздавали все, что случалось под рукою; китайские редкостные вещицы и монгольских бурханов/и бинокли доморощенных оптиков и туземные редкие минералы, и наконец, рисунки и виды работ брата, — писал М. А. Бестужев в своих «Воспоминаниях» и тут же добавлял: — Если б все, что мы таким образом разбросали, собрать воедино, составилась бы богатая коллекция замечательных предметов, но мы не тужили, надеясь пополнить убыток снова, и по отъезде из Сибири я не увез ничего почти, а что и увез, то здесь подарил Н. Г. Керцели, старому собирателю подобных редкостей».