Зарубаев тяжело переживал неудачу и общее неблагополучное положение дел на флоте, что вызвало резкое ухудшение его здоровья. 16 января во время заседания от нервного переутомления и общей слабости, вызванных недоеданием, с ним случился глубокий обморок, потребовавший значительного времени, чтобы привести его в чувство. В этот же день он подал рапорт, что по состоянию своего здоровья просит освободить его от обязанностей наморен. 18 января его просьба была удовлетворена. Он был прикомандирован к Морскому отделу Реввоенсовета Республики с увольнением в 2–месячный отпуск. Затем он был переведен в распоряжение Реввоенсовбалта и назначен начальником морских учебных заведений.
Январским вечером я и Н. Раленбек, как бывшие полтавцы, решили навестить своего командира, к которому питали глубокое уважение. Сергей Валерьянович принял нас в своем большом холодном кабинете в накинутом на плечи флотском пальто, худой, бледный, с запавшими глазами, вышел навстречу из–за письменного стола, подчеркивая этим, что он уже не наморен. Мы высказали свое сожаление о его отставке и пожелали скорейшего восстановления здоровья. Поблагодарив нас за добрые пожелания, он, когда мы все расселись в креслах, после небольшой паузы стал нервно говорить о том, что наболело и накопилось у него в душе. Лейтмотивом в его высказывании звучала тревога о неблагополучном состоянии дисциплины в судовых командах, без которой не может быть флота, о пороках „комитетчины“, об отсутствии контроля за исполнением принятых решений, порождающем безответственность.
Под конец своего монолога он сказал, что не может простить себе того, что у него не хватило силы воли отказаться от злосчастной набеговой операции.
По мере того, как он говорил, чувствовалось, что у него спадало внутреннее напряжение и тем самым как бы происходил процесс самоочищения. Когда он закончил свой монолог, мы перевели разговор на другие темы, с тем чтобы отвлечь его от мрачных мыслей.
Вместо С. Зарубаева в конце января начальником Морских сил и членом Реввоенсовета Балтийского флота был назначен бывший контр–адмирал А. Зеленой, до этого являвшийся начальником Учебного отряда и школ Балтийского флота. Членами Реввоенсовбалта стали А. Баранов, комиссар военно–морских учебных заведений, и В. Зоф, активный партийный работник, член РКП (б) с 1913 г., а в начале февраля начальником штаба Балтийского флота стал А. Домбровский, до этого начальник 1–й бригады линкоров. Вот этим людям и предстояло руководить флотом в суровые дни 1919 года».
Весьма любопытен для нас и взгляд на события вокруг пленения «Спартака» и «Автроила» со стороны белогвардейского офицерства. Весьма интересные воспоминания о том, какие слухи ходили в те дни по другую сторону фронта, как отнеслись вставшие под белые знамена флотские офицеры к позорной сдаче двух кораблей, что они думали и говорили по этому поводу, какие чувства их обуревали, оставил адмирал В. К. Пилкин в своем дневнике за 1919 год: «Вечером мы с Марусей (жена В. К. Пилкина. —
Граф (капитан 1–го ранга. —