Пермский окружной прокурор Шамарин впоследствии писал: «…по приказу генерала Гойды, Военный контроль проводил секретное расследование убийства императорской семьи… полученные результаты не были переданы следователю Сергееву». Следователи, которые работали на генерала Гойду, были сотрудниками Уголовного розыска. Из всех следователей, работавших по этому вопросу, они, вероятно, лучше всего разбирались в военной ситуации. Многие из сотрудников Уголовного розыска были гражданскими лицами, привлеченными к следствию через сеть агентов, которая еще оставалась от царского министерства внутренних дел. Однако это была военная организация, подведомственная «Военному контролю». Это дало Уголовному розыску реальные возможности и свободу работать по всей стране, не связывая себя местными или юридическими границами. Уголовный розыск работал по своему усмотрению, он мог производить и массовые аресты, мог и засылать собственных агентов на территорию, занятую большевиками. За несколько месяцев 1919 года их расследование нашло свидетельства и доказательства, твердо указывающие на тот факт, что женщины Романовы были вывезены из Екатеринбурга живыми и находились в Перми.
Для того, что бы происшедшее было более понятным, мы приводим свидетельства не в той последовательности, в которой они появлялись у военных следователей, а в той, в которой они действительно происходили. Уголовный розыск связал Пермь с теми постоянно возникающими рассказами о поезде, у которого окна были закрыты темными шторами, уехавшем из Екатеринбурга 17 июля. Предположительно, именно на нем большевики вывезли членов царской семьи.
Вот показания Веры Корноуховой, жительницы Перми: «Когда я узнала из газет и партийных источников о расстреле бывшего царя в Екатеринбурге, я заинтересовалась этим, и, чтобы узнать, что случилось 20 июля в Екатеринбурге, я обратилась к моему брату Федору Николаевичу Лукоянову, который был председателем областной ЧК. Я обратилась к нему, потому что он занимал высокий и ответственный пост в Уральской области, и должен был знать, что там случилось…
Мой брат сказал, что нелегко говорить о том, что случилось в середине июля в Доме Ипатьева в Екатеринбурге, и он просто сказал мне, что бывший царь был убит в Екатеринбурге, а остальная часть семьи, включая бывшую царицу, была вывезена из Екатеринбурга на поезде, который вывозил ценности. Среди его вагонов, содержащих ценности, был один пассажирский вагон, и, именно, в этом вагоне находилась императорская семья. Поезд стоял на Пермской станции II и тщательно охранялся. Я не видела этот поезд сама. Я говорю о том, что сказал мне брат. Он никогда не обманывал меня, поэтому у меня нет причины не верить ему».
Упоминание свидетелем о поезде, везущем «ценности», подтверждается тем, что мы знаем о том, как большевики покидали Екатеринбург. Екатеринбург был торговым центром самой богатой области горнодобывающей промышленности в России, банки были переполнены драгоценными слитками, и большевики считали, что город надо удерживать до тех пор, пока не будет вывезено столько, сколько будет возможно, в Пермь. Свидетель говорит о «ценностях», которые вез поезд вместе с Романовыми. Часть этих ценностей, возможно, была их личной собственностью. Когда Романовы приехали в Екатеринбург, их сопровождал целый состав с их имуществом. Возможно, что-то из этого попало в Пермь.
Первый военный комендант в Перми, после ее падения на Рождество 1918 года, Витольд Римашевский, позже рассказывал, что белогвардейцы захватили «разнообразные и чрезвычайно ценные вещи» и «использованную женскую одежду». Он сообщал полковнику Никифорову, новому главе Военного контроля, что обнаружил — сотрудники контрразведки спокойно «освободили» некоторые из этих вещей. Полковник проследил за этим и собрал их снова, и сообщил командиру, что «много ценных вещей было найдено во время обыска квартир контрразведкой и среди них были вещи, которые по своей ценности могли принадлежать царской семье. Полковник Никифоров был уверен в этом, держа в руках уникальную золотую лампу, украшенную драгоценными камнями».
Никифоров был офицером разведки, который принимал участие в поиске царской семьи еще в Екатеринбурге. В январе 1919 года он был назначен в Перми главой Военного контроля, и он мог отыскивать и производить допросы свидетелей.
Часть его сведений была получена от женщины по имени Александра Кривопденова, которая была у него осведомителем, работавшим среди большевиков в городе. В 1920 году она вспоминала: «В середине января 1919 года я была в одном доме в Мотовилихе (пригород Перми), где я услышала разговор о нижнем белье Николая II, с коронами и монограммами. Я спросила, где такое белье было найдено?
Мне сказали: «Конечно, ты знаешь, что императорская семья была в Перми, и жила в доме Акцизной администрации? Евреи наверняка убили их и разворовали все».