В процессе политической деятельности в качестве начальника штаба ставки главковерха Антон Иванович все более попадает в своеобразные ножницы: политические реалии вошли в противоречие с нравственными ценностями генерала. Политически наивный, но честный воин «открывает Америку»: политика — вещь не всегда порядочная.
Увеличению политического веса Антона Ивановича способствовало его участие в Учредительном съезде Союза офицеров армии и флота, который, несмотря на заклинания ее руководителей об аполитичности, буквально сразу становится одной из крупных организаций российской контрреволюции.
Но первоначально и главковерх, и его начальник штаба отрицательно отнеслись к идее создания союза. Они опасались появления в офицерском корпусе коллективного самоуправления, считали, что создание самостоятельной офицерской организации еще более углубит рознь между солдатами и офицерами. Однако декларация, дававшая армии полную свободу съездов, собраний, уже была подписана, и главковерх одобрил созыв съезда офицеров, подчеркнув, что не может быть никакого давления ни его именем, ни именем начальника штаба.
Невзирая на препятствия, в Могилеве собралось 298 делегатов, в том числе 241 офицер от фронта и 57 от тыловых гарнизонов. Они являлись представителями офицерского корпуса, качественный состав которого существенно изменился за годы Первой мировой войны в связи с колоссальными потерями.
7 (20) мая 1917 года съезд открылся речью верховного главнокомандующего. В тот день впервые не в секретных заседаниях, не в доверительной переписке, а открыто, на всю страну верховное командование армии сказало: «Россия погибает!»
Обрисовав положение в стране и на фронтах, генерал Алексеев буквально выкрикнул: «Мы все должны объединиться на одной великой платформе: Россия в опасности. Нам надо, как членам великой армии, спасти ее. Пусть эта платформа объединит вас и даст силы работать».
Эта речь, в которой прозвучала тревога сердца пламенного русского патриота, послужила прологом к его уходу. Революционная демократия вынесла свой приговор генералу Алексееву. В левой прессе сразу началась жестокая кампания против главковерха, которую де-факто поддержал Керенский.
Антон Иванович в своем выступлении коснулся внутреннего положения страны:
Но поистине программную речь боевой русский генерал произнес при закрытии съезда. Генерал Алексеев уже был смещен с поста верховного главнокомандующего, и Деникин говорил за двоих. Пламенно и страстно: