Точно установить, пытали ли людей в Тайной экспедиции, мы не можем. Прямых свидетельств о пытках там нет, но слухи о том, что там пытали, точнее били, ходили в обществе. К. В. Сивков не сомневался, что в Тайной экспедиции «широко применялись телесные наказания и пытки», хотя упоминает только один случай, когда в 1762 году о Петре Хрущове и Семене Гурьеве было сказано: «Для изыскания истины с пристрастием под батожьем распрашиваны». Конечно, уже сама неясность вопроса о пытках в Тайной экспедиции должна рассматриваться как свидетельство в пользу их отсутствия – возможны ли исследовательские сомнения на сей счет в отношении, например, Преображенского приказа князя Ромодановского или Тайной канцелярии Ушакова?
Будем иметь в виду, что в стране, где побои людей, «раздача боли» были печальной нормой, можно было и не иметь застенка в Тайной экспедиции – сам государственный страх, угроза применения не запрещенной официально пытки делали свое дело с «клиентами» экспедиции. Кроме того, формой пытки являлось уже само содержание арестанта в казематах Петропавловской крепости. Так было с больной самозванкой Таракановой. Князь А. М. Голицын писал Екатерине II: «хотя я, по лукавству ея и лже, не надеялся того, дабы она написала что-нибудь похожее на правду, однакож, не теряя вовсе всей надежды, думал иногда по человечеству в таком ее
Пытка в России была отменена формально только по указу 27 сентября 1801 года после скандального дела в Казани. Там казнили человека, признавшего под пыткой свою вину. Уже после казни выяснилось, что человек этот был невиновен. Тогда Александр I предписал Сенату «повсеместно по всей империи подтвердить, чтобы нигде, ни под каким видом, ни в высших, ни в низших правительствах и судах никто не дерзал ни делать, ни допущать, ни исполнять никаких истязаний под страхом неминуемого и строгого наказания» и чтобы «наконец, самое название пытки стыд и укоризну человечеству наносящее, изглажено было навсегда из памяти народной». Однако указ этот остался одним из благих пожеланий либеральной весны царствования Александра. Пока в России существовали телесные наказания, крепостное право, палочная дисциплина в армии, говорить об отмене пыток было невозможно. Лишь с 1861 года, с началом судебной и иных реформ, применение пытки в политическом сыске стало затруднительным, однако изобретательные следователи жандармских управлений и местных органов власти находили немало способов заменить пытки кнутом или плетью другими истязаниями. Словом, в том или ином виде пытка сохранялась в русской истории и без нее политический сыск был как без рук.