В 1474 году Иван III купил вторую половину Ростовского княжества, которое теперь было полностью присоединено к Москве. Наступил черед Новгорода. Яжелбицкий договор 1456 года начал устанавливать новые юридические нормы во взаимоотношениях Москвы и Новгорода, боярам которого уже не удавалось просто откупаться от москвичей – в Новгороде действовал княжеский суд, принимавший обиженных новгородцев, вече было лишено значения высшей судебной инстанции, была введена великокняжеская печать.
Иван III несколько лет готовился к решающей схватке с боярской республикой. Поводом к ее разгрому послужил новгородско-литовский договор 1471 года – попытка Новгорода признать верховную власть Литвы. Война продолжалась полтора месяца. После разгрома новгородских войск в Шелонской битве стало окончательно ясно, что новгородский колосс держится на глиняных ногах. Зарвавшуюся правящую новгородскую олигархию перестал поддерживать народ. Иван III казнил руководителей «литовской партии» и Новгород фактически был подчинен Москве Коростынским договором 1471 года. Тогда же к Москве была присоединена Великая Пермь.
Новгородские доходы очень волновали конкурента Московской Руси – польско-литовское государство. Еще в 1458 году король польский и великий князь литовский Казимир добился от константинопольского патриарха назначения независимого от Москвы митрополита для Западной Руси. В 1470 году патриархат присвоил ставленнику Казимира западнорусскому митрополиту Григорию сан «митрополита всея Руси», подчинив ему в церковном отношении земли Московского княжества. «Митрополит» Григорий и «новгородский король» Казимир начали использовать греческий церковный авторитет как орудие в борьбе против объединения русской земли. Иван III почти мгновенно провел комплекс мероприятий информационно-психологического противодействия. Не признавший Григория митрополит Московский и всея Руси Иона заявил, что «царствующий град Константинополь попал в руки турок из-за того, что он «своего благочестия отступи» и довел это до сведения всех православных прихожан русских земель. Иван III объявил, что греческо-византийское православие само себя «изрушило» и мнение константинопольского патриархата больше не интересует Московскую Русь – «не требую его, ни его благословения, ни его неблагословения, имеем его от себя, того патриарха, «ужа и отречена». У Новгорода больше не было шансов на проведения политики, враждебной Московскому княжеству, не было и шансов на сохранение боярского суверенитета.
Зимой 1477 года Иван III с войсками всей Русской земли выступил на север и встал у новгородских стен, не штурмуя город, в котором власть взяло разбушевавшееся вече. Началась агония Новгородской боярской республики – «многие вельможи и бояре перевет имеяху князю великому и того ради не изволиша в единомыслии бытии и всташа чернь на бояр, а бояри на чернь. Историк В.Н. Бернадский писал в середине XX века: «В отличие от похода 1471 года, в 1477 году не было настоящей войны. Новгород не оказал вооруженного сопротивления грозным силам великого князя и его союзников, вступившим в его земли. Новгородское войско не дало ни одной битвы воеводам великого князя. Заняв по хорошо разработанному плану предместья Новгорода, московские войска все теснее сжимали кольцо блокады. Начавшиеся 23 ноября переговоры были завершены 13 января 1478 года «целованием креста» новгородцами в Троице на Паозерье, где стоял великий князь. За двенадцатинедельное Троицкое стояние Ивана III, во время осады, переговоров и установления нового порядка, был сломлен вечевой порядок управления. События развивались стремительно, сокрушительные удары один за другим обрушивались на Новгород – прогнившее насквозь здание Новгородской вечевой республики дрогнуло и рухнуло под ударами московских секир – «вечу и колоколу не быти, посаднику не быти, а государство все нам держати». Управление в городе взяли в свои руки московские наместники».
В феврале новгородские олигархи во главе с Марфой Борецкой были отправлены в Москву, их земли были конфискованы. В течение последующих десяти лет тысячи богатых новгородцев были заменены москвичами и владимирцами. Ликвидация вечевого строя была завершена зимой 1480 года «поиманием» выборного епископа Феофила. Летописи писали, что Иван III шел на Новгород «не яко на христиан, но яко на язычник и на отступник православия». Союз с католиками стал одной из причин падения Новгорода.
Присоединением новгородских земель почти весь север России был присоединен к Московскому княжеству – «и привезен бысть вечевой колокол в Москву, и вознесли его на колокольню на площади, с прочими колоколы звонити».
До нас дошло единственное описание Ивана Васильевича III и его столицы, сделанное современником, венецианским дипломатом Амброджо Контарини, проезжавшего через Московскую Русь в Персию: