Неограниченные полномочия позволяли царю права без совета с думой подвергать опалам и казням всех, кого он считал нужным, «с отбором на государя» их казны и земель. Для реализации задач по разгрому государства был создан особый корпус опричников, ставший личной гвардией царя. Опричное войско с 1000 разрослось до 6000 убийц. В опричнину принимали лишь тех, кто не имея родственных или дружеских связей с земскими людьми. Опричник давал клятву, что впредь он не будет вступать ни в какие связи с земщиной. Для опричников вводились особые «знаки различия» – голова и метла. В состав опричников нередко входили представители знатных княжеско-боярских родов. Однако, опричный двор был, конечно, более худородным по составу, чем земский двор, а на закате опричнины худородные провинциалы доминировали в опричном руководстве. Руководители опричнины составили опричный двор и опричную думу, структуры которых совпадали со структурой доопричных Государева двора и Боярской думы. Опричные приказы существовали параллельно с земскими. Первоначально – «для обеспечения хозяйственных потребностей» – в опричнину были включены богатые города и уезды – Двина, Каргополь, Вологда, Белоозеро, Великий Устюг, Старая Русса, Галич, Подмосковье и часть Москвы. На опричных землях земские бояре и дворяне выводились со своих вотчин и поместий. Для содержания опричнины с земщины взяли 10 000 рублей.
Столицей опричнины стала Александрова слобода. В.О. Ключевский писал:
«Среди глухих лесов возникла новая резиденция – опричная столица с дворцом, окруженным рвом и валом, со сторожевыми заставами на дорогах. В этой берлоге царь устроил дикую пародию монастыря, подобрал три сотни самых отъявленных опричников, которые составили «братию», сам принял звание игумена, покрыл этих штатных разбойников монашескими скуфейками, черными рясами, сочинил для них общежительный устав, сам с царевичами по утрам лазил на колокольню звонить к заутрене, в церкви читал и пел на клиросе и клал такие земные поклоны, что со лба его не сходили кровоподтеки. После обедни за трапезой, когда веселая братия объедалась и опивалась, царь за аналоем читал поучения отцов церкви о посте и воздержании, потом одиноко обедал сам, после обеда любил говорить о законе, дремал или шел в застенок присутствовать при пытке». Опричник ездил весь в черном с головы до ног, на вороном коне в черной сбруе, потому современники прозвали опричнину «тьмой кромешной».
Л.Н. Гумилев анализировал поведение Ивана IV: «Царь и его опричники были абсолютно уверены в благости своих чудовищных злодеяний. Сначала Иван, убивая тело, стремился также «убить душу» – тела рассекали на мелкие части, а в русском простонародном православии существовало и до сих пор существует предубеждение, что «без тела» покойник не может предстать на Страшном суде. Потом царь стал заносить имена своих жертв в синодик, служил по ним панихиды и искренне считал свое покаяние совершенно достаточным для образцового православного христианина. Более того, Грозный создал совершенно особую концепцию царской власти. Он полагал царское величие равным Божьему и потому лишил подданных права как-либо обсуждать его поступки.
Добро и зло меняется местами. Старинное русское слово «опричь», то есть «кроме», дало современникам повод называть соратников Грозного кромешниками. Ад – «тьма кромешная», «небытие», самая суть зла. Значит, кромешники – это люди, одержимые ненавистью к миру, слуги абсолютного зла. Наши предки хорошо умели осмысливать суть вещей».
Иван IV казнил всех, кто ему возражал, доказательно противоречил, был уважаем в народе, был талантливее его. Боярам и их малолетним детям рубили голову и привозили их Ивану, сажали на кол, ссылали сотнями. Земли опальных бояр царь присваивал. Возможно, это и было главной целью опричнины. Княжеское землевладение было уничтожено, боярская «оппозиция» царю-маньяку подавлена. Только по инсценированному делу брата царя Владимира Старицкого опричники казнили более 3000 невиновных.
Митрополит Филипп попытался остановить террор, и после долгого разговора с царем наедине на проповеди в кремлевском Успенском соборе лишил Ивана благословения и говорил о необходимости упразднить опричнину. Митрополита поддержало большое количество народа. Царь объявил всем: «Я был слишком мягок к вам, но теперь вы завоете». Престиж царя в народе упал «ниже плинтуса» и Иван опять начал резню. Окружение Филиппа на глазах всей Москвы забили палицами, царю каждый день несли доклады – «отделано… человек». Людей казнили без следствия и суда, для наиболее знатных проводили фикцию суда, на телах убитых в Москве опричники оставляли записки. Филиппу царь прислал голову его брата. Историк Р.Г. Скрынников писал: