В 1589 году в Московском царстве был введен сан патриарха. Патриарх (от греческого Patriarches – отец, управляю) – высший титул главы самостоятельной (автокефальной) христианской церкви в некоторых странах. Титул патриарха был установлен Халкидонским церковным собором 451 года. После разделения в 1054 году христианской церкви на западную – католическую и восточную – православную он закрепился за иерархами восточной церкви. В Византийской империи православную церковь возглавляли 4 патриарха – Константинопольский, Александровский, Антиохийский и Иерусалимский. С возникновением самостоятельных государств Болгарии и Сербии во главе их церквей также становились патриархи. В России первый патриарх был избран собором русских церковных иерархов в 1589 году. Московская элита посчитала, что процветавшей церкви могущественного царства было «невместно» составлять часть Константинопольского патриархата, находившегося в упадке и под властью турок, постоянно шедшего на компромиссы в вопросах веры.
Для совершения действия в Москву приехал Константинопольский патриарх Иеремия, посвятивший во Всероссийские патриархи митрополита Иова, поздравив его «отцем отцев и патриархом всех северных земель». Иеремия уехал в Константинополь, щедро награжденный драгоценными кубками, жемчугом, деньгами, соболями и шелковыми тканями. Восточные патриархи подтвердили учреждение патриаршества в Московском царстве, чей авторитет еще более поднялся – на Востоке.
В 1700 году вместо умершего патриарха Адриана была учреждена временная должность «экзарха святейшего патриаршего престола, блюстителя и администратора», на которую был назначен митрополит Муромский и Рязанский Стефан Яворский, власть которого была ограничена. Все важнейшие вопросы церковного управления он был должен решать совместно с другими иерархами, для этого вызывавшемуся в Москву на «священный собор». В 1721 году Петр Великий ликвидировал звание патриарха и руководство церковными делами стал осуществлять Синод.
Титул патриарха был восстановлен на соборе Русской православной церкви 1918 года. В настоящее время действуют Константинопольский, Александрийский, Антиохийский, Иерусалимский, Грузинский, Армянский, Сербский, Болгарский и Румынский патриархи. Всероссийский патриарх занимает 5 место среди глав православных церквей. Согласно уставу Русской православной церкви патриарх пожизненно и со священным Синодом управляет церковью; подчинен только Поместному и Архиерейскому соборам. Он представляет церковь перед государством.
Борис Годунов был избран царем после смерти Федора Иоанновича в 1598 году, когда пресеклась династия Рюриковичей. Царь Борис основал в Сибири города Томск и Туринск, чем довершил покорение Сибири, строил новые города в России, преследовал народное пьянство, чем многих настроил против себя, приглашал из-за границы врачей и аптекарей. Он хотел создать в России школы с изучением иностранных языков и вызвать для этого специалистов из Европы, что вызвало сопротивление церковных иерархов. Он впервые послал двадцать дворян учиться за границу. Проучившись в Европе, они не захотели возвращаться в допетровскую Россию.
Активная внутренняя политика требовала больших денежных средств и в 1597 году Борис Годунов отменил Юрьев день, введя таким образом крепостное право. Крестьяне были прикреплены к земле, где находились в момент подписания указа, и были подчинены административной и судебной власти земледельца. До этого указа крестьяне имели право перехода от одного помещика к другому. Самодуров-землевладельцев с садистскими наклонностями в царстве было немало и крестьяне тайно уходили от помещиков – появилось много беглых и гулящих людей.
Беглыми называли зависимых крестьян, незаконно покинувших, сбежавших от своего помещика. С конца XVI века это явление приобрело массовый характер – крестьяне, не хотевшие быть под властью идиотов и подонков, уходили на южные и юго-восточные малозаселенные окраины Московского царства. Центральную власть это даже устраивало, но под давлением помещиков, которым грозило разорение, оно увеличило срок сыска беглых людей до пятнадцати лет. Разумнее вести крестьянское хозяйство и не издеваться над людьми, части землевладельцев почему-то не приходило в голову. Помещикам не возвращались только крестьяне, ставшие казаками. Впоследствии для пресечения бегства в царстве была введена паспортная система. С этого момента крестьянин мог отлучиться с места жительства только с паспортом, в котором указывались его место следования и срок отлучки. Пойманный без паспорта подлежал аресту, наказанию и немедленному возвращению на место жительства.