А впереди ждала Сибирь. На жалобу, поданную Александром министру внутренних дел, пришел ответ, что он не имеет права вмешиваться в постановление шефа жандармов. Жалоба сенату осталась без ответа. Через два года царю от имени их сестры Елены было подано прошение, врученное лично двоюродным братом Кропоткиных Дмитрием, харьковским генерал-губернатором и флигель-адъютантом Александра II. Однако российский император ответил лишь одно: «Пусть посидит!» Пробыв в Сибири 20 лет, Александр Кропоткин больше уже в Петербург не вернулся.
Тем временем деятельность революционных кружков приобрела еще больший размах. Жандармам не хватало времени и людей, чтобы ловить всех, кто активно и почти открыто пропагандировал революционное движение, подстрекая народ к бунту. Примерно полторы тысячи революционеров все-таки арестовали, и тюрьмы начали пополняться новыми узниками.
Вскоре новички прибыли и в Трубецкой бастион Петропавловской крепости, где сидел Кропоткин. Между ним и его соседями была установлена связь с помощью перестукивания – азбуки, которую придумал еще декабрист Бестужев. Оказалось, что за левой стеной томился друг Кропоткина Сердюков, а внизу – крестьянин Говоруха. И если интеллигентный человек мог выдержать заключение благодаря разрешению читать и писать, то как же тяжела была неволя для безграмотного крестьянина, привыкшего всю жизнь заниматься физическим трудом. Кропоткину и Сердюкову пришлось быть свидетелями того, как он медленно сходил с ума. Конечно же, этот случай не прошел бесследно для психики Сердюкова. Он вышел на свободу через четыре года и застрелился.
Однажды к Кропоткину наведался брат царя – великий князь Николай Николаевич, который знал заключенного лично. Он разговаривал с ним благодушно, по-дружески, сначала не выказывая своих намерений. После нескольких ничего не значавших фраз Николай Николаевич сказал Петру: «Да ты пойми, Кропоткин, я говорю с тобой не как судебный следователь, а совсем как частный человек». Однако ответ Кропоткина был краток, и смысл его заключался в том, что Николай Николаевич никогда не станет для него частным человеком, так как он к нему может относиться лишь как к официальному лицу.
Еще несколько попыток Николая Николаевича узнать у Кропоткина необходимые сведения закончились ничем, и в конце концов первый, раздраженный своей неудачей, заметил узнику: «Как ты мог иметь что-нибудь общее со всеми этими людьми, с мужиками и разночинцами?» И тогда Кропоткин резко ответил: «Я вам уже сказал, что дал свои показания судебному следователю».
Прошло уже два года, а в деле Кропоткина так никакой ясности и не появилось. Однажды его вызвали к жандармскому полковнику Новицкому, который прочитал ему конец брошюрки «Пугачевщина» Л. А. Тихомирова, написанной Кропоткиным по решению кружка, спросив потом, точно ли эта рукопись принадлежит заключенному. Стали прощаться. Новицкий, человек умный и ничуть не злой, на прощание сказал: «Ах, князь, я уважаю вас, глубоко уважаю за ваш отказ давать показания. Но если бы вы только знали, какой вред вы себе делаете. Я не смею говорить, но одно говорю – ужасный».
По прошествии некоторого времени Кропоткина вызвали еще раз, пытаясь обманом узнать текст одной из записок, которую он написал, но отправить не успел. Новицкий говорил ему, что, хотя шифр был прост, они не смогли прочитать текст ни этой записки, ни писем, пока не нашли ключ к шифру у некоего Войнаральского, вхожего в кружок революционеров. После вопроса Кропоткина, зачем же тогда было спрашивать его, Новицкий не нашелся, что ответить, лишь пробормотав: «Да… вот и перевод вашей записки…»
Кропоткин ответил, что читать и проверять его он не намерен. На этом его разговор с полковником завершился.
Впоследствии, уже из дома предварительного заключения, Петра Алексеевича водили к прокурору Шубину. Тот сообщил, что теперь он должен ознакомить его со всеми имеющимися показаниями, которых, впрочем, оказалось не так уж и много. Одним из них было заявление молодого рабочего, который сказал, что подсудимый действительно читал им лекции с целью революционной пропаганды. Были показания мужика и двух ткачей, чья болтовня являлась полнейшей выдумкой. Эти лгуны утверждали, что Кропоткин говорил им, что «царя убить», «всех долой», тогда как Кропоткин вообще не разговаривал с ними о чем-то подобном. После слов Кропоткина, что он и сам таких свидетелей найти может за двадцать пять рублей, Шубин спросил: «А кто же это, позвольте спросить, будет им платить?» «Вы», – ответил ему спокойно Кропоткин.
Дальше была та же самая рукопись «Пугачевщины», протоколы о программе революционеров, а также показания заводских рабочих, что никаких революционных лекций он им не читал и что ткачей он просто ругал за промотанные деньги, данные им на наем квартиры. После этого Кропоткин написал, что «никаких показаний до суда давать не намерен».