В Париже он вел себя довольно скромно. Спустя несколько дней после возвращения из Италии бросилось в глаза го, что на торжественном приеме в Люксембургском дворце он появился в полевой форме — можно ли быть скромнее? и с серьезным, сдержанным выражением лица твердыми шагами подошел к эстраде, откуда и произнес свою речь. Тонкий расчет подсказал ему образ скорее гражданина, чем генерала, но вскоре ему стало ясно, что так его слава скоро поблекнет: «Париж ничего нс держит в памяти. Если я не буду действовать, я конченый человек». И вновь жгучее честолюбие требовало все новой и новой славы для знамен и влекло вперед. Победа над Англией, ибо кто победит Англию, станет неограниченным властелином Европы — эта идея лежит на поверхности и имеет все шансы найти благодатную почву и в Директории. Попытка вторжения на остров была бы безнадежной авантюрой, в подобное дело он себя втянуть не даст. В данный момент наиболее разумной представляется военная экспедиция в Египет, поскольку таким образом блокируется сухопутная коммуникация, связывающая Англию с ее богатейшей колонией — Индией. В то же время такая экспедиция позволит реализовать его юношескую мечту — подобно Александру Великому совершить поход в Индию. Директория согласилась с предложением Наполеона почти с облегчением, так как оно позволяло отправить эту небезопасную личность куда подальше и скорее всего на долгий срок, а в случае провала экспедиции — возможно и насовсем.
21 июня 1798 года французская армия одержала легкую победу в битве у пирамид над численно уступавшими ей мамелюками, хотя после трудного похода моральный дух войск снизился до крайнего предела. Тут же не замедлила явиться трагическая весть о том, что 1 августа 1798 года английская эскадра под командой Нельсона уничтожила французский флот в морском сражении при Абукире. Этим не только был прерван путь снабжения экспедиционной армии из Франции, но и отрезан путь к отступлению. Начиналось восстание населения Египта, которое получило действенную поддержку со стороны турецкой армии. В этой ситуации, обманутый в своих надеждах на триумфальное возвращение в Париж, Наполеон предпринял все возможное для того, чтобы завоевать дружбу местного населения. Тем не менее восстание началось, но Наполеон подавил его в зародыше, казнив зачинщиков. В феврале 1799 г. во время похода французской армии в Сирию в Газе произошло событие, очень живо напоминающее военные преступления XX века. Французы устроили настоящую бойню на берету моря. Несколько тысяч пленных турок были согнаны на песчаный пляж и убиты на месте или утоплены в море. Позднее Наполеон пытался оправдать это злодеяние тем, что не имел возможности ни охранять, ни прокормить этих людей. Такое оправдание звучит почти цинично, свидетельствует о хладнокровной неразборчивости в средствах, полном презрении к людям и заставляет снова вспомнить мадам де Сталь, писавшую, что для этого человека реально существует только он сам, все же остальные не более, чем номера, не имеющие никакой ценности. За несколько дней до судьбоносного дня Абукира он писал Жозефине: «Меня тошнит от человечества… Мои чувства разорваны в клочья… Мне остается только стать полным эгоистом».
Его видения еще живы и зовут вперед. Теперь вместо Индии он идет из Дамаск и Алеппо, его конечная цель — Константинополь: «Я сокрушу Турцию и создам новую великую империю. Это сохранит мое имя для потомков». Его мысли постоянно вертятся вокруг грядущей славы, за которую его солдатам приходится платить муками, страданием и смертью и, более того, от солдат требуют, чтобы они испытывали от этого радость. Только после безуспешной осады Сен-Жан-д'Акра (Акко) наступило всеобщее отрезвление. Началось отступление на Каир — без дорог, без воды и с чумой в обозе. Больных и раненых бросали без долгих колебаний.
В Яффе Наполеон посетил чумной барак. Он намеревался выдать примерно тридцати больным чумой дозу опиума, для того чтобы облегчить их предсмертные страдания. Главный врач санитарного корпуса Никола Деженет отказался сделать это, сославшись на клятву Гиппократа. Позднее, оправдывая свой поступок, Наполеон написал: «В подобной ситуации я бы отравил собственного сына». Далее он пишет, что заболев чумой, сам бы потребовал оказать себе подобную предсмертную услугу. Спор с врачами продолжался и, в конце концов, стороны сошлись на лаудануме — болеутоляющем средстве, которое якобы даже спасло некоторых заболевших солдат от смерти. Позднее Гро, придворный живописец Наполеона, по его заказу создал идеализированную картину посещения им чумного барака в Яффе. Это творение вполне соответствует рассказам самого Наполеона, который, возвратившись в Каир с пятью тысячами оставшихся в живых солдат, повествовал о пережитых событиях «подобно арабскому сказочнику».