Он вполне отдавал себе отчет в том, что реализовать задуманный план — победоносной операцией на Востоке создать базу для дальнейшего возвышения в Париже — уже не удастся. По его ошвам, «карьера французской Восточной армии была закончена», начинать с этой армией осуществление его далеко идущих планов было бессмысленно, он не располагал даже достаточным количеством кораблей, для того чтобы увести жалкие остатки этой армии домой. Он быстро и без колебаний передоверил решение этих неблагодарных задач генералу Клеберу, сам же сел на корабль и отправился во Францию. К этому моменту Директория с трудом выбралась из очередного внутриполитического кризиса и вела войну против Второй коалиции, в которую входили Англия, Австрия и Россия. Эти события вынудили директоров изменить мнение о Бонапарте, и они уже с нетерпением ожидали его возвращения. Даже враждебная пресса высказывалась так: «Его египетский поход не удался, ну и что же? Тем не менее, его смелые начинания, кажется, способны вернуть нам мужество».
Возвращаясь домой, Наполеон не особенно задумывался о судьбе Франции, которую вражеская коалиция поставила в весьма затруднительное положение. Ибо именно в этом состоял его шанс вернуться не в образе битого генерала, а вестника надежды отечества. Еще только отправляясь в египетскую экспедицию, он лелеял надежду на крупный конфликт между Францией и европейскими державами — если этот конфликт разгорится во время его отсутствия, то он сможет вернуться как спаситель Республики и тем самым занять то положение, к которому считал себя предназначенным. Эта мысль четко просматривается в письме брату, написанном перед отплытием в Египет: «Если разразится война и ход ее будет неудачным, то здесь снова появлюсь я, и общественное мнение будет ко мне более благосклонным». Солдаты же, которых их обожаемый генерал бросил на произвол судьбы, выйдя 23 августа 1799 года в море аки тать в нощи, придерживались скорее всего иной точки зрения, но это записано совсем в другой графе бухгалтерской книги его честолюбивых планов. Свои планы он претворял в жизнь весьма умно и осмотрительно. Он принимал у себя и якобинских вождей, и агентов Бурбонов, каждый получал от него те советы, которые должен был получить, лишь о своих истинных замыслах он не рассказывал никому. В целом он вел себя как благородный господин, возвратившийся из дальних странствий и с наигранной отстраненностью внимающий рассказам собеседников о местных распрях и склоках. «Никогда в своей жизни, — вспоминал он, — я не действовал столь ловко. Я посетил аббата Сийеса (нового и очень влиятельного члена Директории. — Прим. автора) и пообещал провести принятие замечательного проекта его конституции; я принимал вождей якобинцев и агентов Бурбонов, я никому не отказывал в совете, но эти советы должны были служить исполнению моих собственных планов. И все они оказались в моей сети».
Заговор Наполеона и аббата Сийеса вылился в переворот 18 брюмера (9 ноября) 1799 года, в результате которого пять правивших до этого директоров были заменены двумя или тремя консулами, которые должны были занимать свои должности в течение 10 лет. При этом в Совете пятисот Наполеон потерпел весьма ощутимую неудачу — там его не только обругали, но и в прямом смысле слова вытолкали за дверь. Генерал, непривычный к такого рода парламентским манерам, даже упал в обморок. Он был унижен и поклялся «прикрыть эту парламентскую говорильню». Только вмешательство гренадеров, вступивших в зал заседаний, заставило Совет старейшин утвердить временное правительство в составе трех консулов. Наполеон снова воспользовался тем действием, которое оказывает на народные массы целенаправленная управляемая пропаганда: «Сотня убийц готова наброситься на меня и целится в мое сердце… Защитника закона встречают криками «Вне закона!»… Французы, я не сомневаюсь, что в том, что я делаю, вы не усмотрите ничего, кроме рвения верного солдата свободы и гражданина, преданного делу Республики». Тем не менее, уже в это время он обдумывал мысль о захвате власти во Франции с помощью армии.
Однако сейчас первоочередной задачей он считал разработку конституции, причем именно такой, которая бы способствовала осуществлению его честолюбивых планов. Ловко и терпеливо ведя переговоры, он добивался создания документа, который был бы «формально демократической конституционной бумагой для нужд цезаристской конституционной реальности». Уже 24 декабря 1799 года консульская конституция стала законом. В ней он сам возложил на себя титул Первого консула. По рецепту, хорошо зарекомендовавшему себя в новейшей истории, он прикрыл свое провозглашение фактически самодержавным властителем демократической видимостью, раз и навсегда закрепив возвышение своей власти над парламентом введением института референдума. Из-за неправильного подсчета голосов, а также из-за большого количества воздержавшихся лишь менее трети имеющих право голоса проголосовали «за». Но первому консулу хватило этого для того, чтобы ввести Конституцию в действие.