Результаты обследования пациента, лишь позднее опубликованные Полем Фремо, подтвердили подозрения доктора О’Мары. По бледно-желтому цвету кожи, нездоровым и постаревшим чертам лица, чрезвычайной чувствительности правого эпигастрия доктор Стокоу диагностировал хроническое воспаление печени и ввиду угрожающего состояния пациента потребовал в своем официальном докладе разместить в Лонгвуде врача на постоянной основе, с тем, чтобы этот врач был доступен в любое время. В этом докладе доктор Стокоу констатировал не только наличие у больного высокой температуры и сильного ускорения пульса, но также наличие под правой реберной дугой опухоли, чрезвычайно болезненной при надавливании. На это указывает и Фремо в своем изложении беседы между Наполеоном и его врачом, в ходе которой они обсуждали возможное последующее течение заболевания и перспективы выздоровления. На вопрос больного о возможном исходе врач дал недвусмысленный ответ: «Если содержимое этой опухоли уйдет в кишечник, то наступит выздоровление. Если же гнойные массы попадут в брюшную полость, то летальный исход неминуем». Опасаясь, что сильные головные боли, от которых страдал Наполеон, могут быть признаком грозящего инсульта, доктор Стокоу пустил ему кровь, в результате чего температура упала и дыхание стало более ровным. Однако на головные боли эта мера никакого влияния не оказала.
Тем временем губернатор счел, что доктор Стокоу оказывает чересчур много внимания своему пациенту, и, стоило доктору намекнуть на то, что он страдает от абсцесса, который вот-вот прорвется, что весьма нежелательно в столь неблагоприятном климате, как уже 19 января 1819 года он получил предписание губернатора покинуть остров. Вдобавок ко всему Хадсон Лоу позаботился о том, чтобы этот честный и верный своему долгу врач предстал перед военным судом. Ему было предъявлено не выдерживающее никакой критики обвинение в том, что он якобы обсуждал с Наполеоном не только медицинские вопросы, давал тенденциозные отчеты о состоянии его здоровья и, общаясь с ним, в нарушение инструкции употреблял обращение «пациент» вместо положенного «генерал Бонапарт». Результатом было то, что после 25-летней безупречной службы на флоте он был уволен в отставку с половинной пенсией всего в 100 фунтов в год.
Тем временем Наполеон все же смог без медицинской помощи преодолеть этот тяжелый кризис, который, однако, сказался на его моральном состоянии, выразившись в глубокой депрессии. Безвольный и апатичный, буквально закрывшись в своем доме в Лонгвуде, он проводил большую часть времени в постели, стал реже бриться, перестал заботиться о внешнем виде и никак не мог заставить себя вернуться к работе над мемуарами. Насколько бессердечным и, вполне можно сказать, садистским, было отношение губернатора острова к этой перемене, свидетельствует его ответ на настоятельную просьбу графа Бертрана обеспечить
В Европе семья Бонапарт добилась все же того, что на остров был направлен священник, врач и повара. Доктору Фуро де Борегару, уже лечившему Наполеона на острове Эльба, дядя бывшего императора, кардинал Феш предпочел доктора Франческо Антоммарки, руководствуясь его корсиканским происхождением, несмотря на то, что врачебный опыт Борегара был более весомым.
Доктор Антоммарки являлся прекрасным патологоанатомом и занимал должность старшего прозектора на медицинском факультете Пизанского университета, но клиническим опытом он практически не обладал. Имеются основания полагать, что его этика также оставляла желать лучшего. Об этом можно судить хотя бы по тому факту, что он предпочитал находиться в столице острова Джеймстауне и просто не мог быстро прибыть к больному в случае срочной необходимости. Стоит ли удивляться тому, что, по словам Бертрана, Наполеон был невысокого мнения об этом враче и не упомянул его в своем завещании.