Страна переходила на новые прогрессивные формы футбольного хозяйствования. И 6 апреля 1989 года был учрежден хозрасчетный футбольный клуб «Динамо», первым президентом которого стал Владимир Пильгуй, а почетным президентом Лев Яшин. Однако начальный шаг на пути оформления профессионального статуса клуба турнирных дивидендов ему не принес-8-е место в чемпионате трудно было расценить как прогресс некогда ежегодно оспаривавшей медали команды. Хотя в сборной СССР она была представлена весьма широко: Дмитрием Хариным, Александром Бородюком, Игорем Добровольским, Сергеем Кирьяковым, Игорем Колывановым.
10 августа на стадионе «Динамо» состоялись два матча, посвященные 60-летию Льва Яшина. В первом из них ветераны «Динамо» встретились со сборной звезд мирового футбола (2:2), в составе которой выступали величайшие футболисты современности Франц Беккенбауэр, Бобби Чарльтон, Эйсебио, Карлос Альберто и другие. В матче действующих футболистов динамовцы победили (2:0) тоже звезд первой величины, в рядах которых были немцы Карл-Хайнц Румменигге, Ханс-Петер Бригель, испанец Ха-вьер Камачо, голландец Йонни Реп, наш Олег Блохин…
В середине очередного сезона вроде бы уже втянувшийся в работу с «Динамо», заметно омолодивший коллектив Анатолий Бышовец, был изъят из него, принял первую сборную СССР. Но и под руководством Семена Альтмана, прежде помощника экс-киевлянина, динамовцы продолжали борьбу за медали. Однако за пять туров до окончания чемпионата им был представлен новый главный тренер Константин Бесков. Эта рокировка была встречена командой в штыки, и Николай Толстых, сменивший в сентябре 1990 года Пильгуя на посту генерального директора ФК «Динамо», не пошел на конфронтацию с игроками. Альтман продолжил свою работу. Чемпионат бело-голубые, летом потерявшие своего лидера-перешедшего в итальянский «Дженоа» Игоря Добровольского, впоследствии названного лучшим футболистом сезона в стране, завершили на 3-м призовом месте, присовокупив к нему приз «Агрессивному гостю». В составе сборной СССР на чемпионате мира выступали динамовцы Александр Уваров, Игорь Добровольский, в других матчах-Андрей Чернышов, Игорь Колыванов, Андрей Мох и Евгений Долгов. Молодежный чемпионат Европы в составе нашей команды выиграли Добровольский, Колыванов, Чернышов, Дмитрий Харин, Андрей Кобелев и Сергей Кирьяков.
«Динамо» еще с советских времен славилось передовым уровнем организации спортивного общества, и в значительной мере поэтому динамовцы были на ведущих позициях в большинстве видов спорта не только в стране, но зачастую и в мире. И на новом для нашей страны этапе развития профессионального футбола клуб стал одним из пионеров современного хозяйствования. В качестве заместителя генерального директора в «Динамо» привлекли молодого доктора экономических наук, горячего динамовского патриота Анатолия Воробьева, имевшего опыт организации современных экономических структур в иных областях деятельности. И в декабре 1991 года в стране было официально зарегистрировано первое такого рода закрытое акционерное общество «Футбольный клуб «Динамо» (Москва).
Последний советский сезон «Динамо» начало под руководством Альтмана, но уже в апреле после разгрома в Одессе «Черноморцем» (0:3) его сменил Валерий Газзаев. Новый наставник много экспериментировал с молодежью, отсюда и нестабильная игра «Динамо», позволившая ему лишь замкнуть шестерку сильнейших. Лучшим бомбардиром чемпионата стал Игорь Колыванов (18 голов), под занавес сезона удостоенный также титула лучшего футболиста страны. Цвета сборной СССР защищали Колыванов, Александр Уваров и Андрей Чернышов.
Бронзовое начало российской истории
После развала СССР настала эра чемпионатов России, сулившая московским клубам в отсутствие украинских, грузинских, армянских, более короткий путь к чемпионскому золоту. Увы, «Динамо» его до сих пор не освоило.