Отсчет своей российской истории бело-голубые начали с бронзы чемпионата 1992 года. От команды ожидали большего, но в итальянскую «Фоджу» уехал Игорь Колыванов, в «Спартак» перешел Андрей Чернышов, по ходу сезона-в киевское «Динамо» Виктор Леоненко, с германским «Карлсруэ» подписал контракт Сергей Кирьяков. Оставшихся ведущих игроков то и дело выводили из строя травмы. Валерий Газзаев, предвидя проблемы, провел успешную селекцию, но в динамовском лагере нашелся предатель, поставивший в известность о потенциальных динамовских приобретениях руководство «Спартака», который моментально сыграл на повышение ставок. В результате Никифоров с Цымбаларем надели не было-голубые, а красно-белые футболки. Но игроки, особенно молодые-Юрий Калитвинцев, Валерий Клейменов, Саркис Оганесян, Каха Цхададзе, Велли Касумов-под руководством молодого тренера росли, на глазах прибавляли в мастерстве, и «Динамо» провело в сезоне-1992 немало запоминающихся матчей. Особо следует выделить выступления команды в Кубке УЕФА против норвежского «Русенборга», приезд которого в Петровский парк завершился разгромом гостей (5:1), и победу на следующем этапе розыгрыша в Турине над «Торино» (2:1), на тот момент возглавлявшим таблицу чемпионата Италии. «Динамо» поднялось по кубковой сетке до четвертьфинала, но там уступило знаменитой лиссабонской «Бенфике». Лучшим бомбардиром чемпионата России стал Велли Касумов, показавший фантастическую результативность-16 голов в 17 матчах. По окончании сезона трое динамовских лидеров отправились в зарубежные клубы: Кобелев и Касумов-в «Бетис» (Севилья), а Цхададазе-в франкфуртский «Айнтрахт». В первом матче за возрожденную сборную России сыграли динамовцы Андрей Кобелев и Омари Тетрадзе.
В следующем чемпионате России динамовцы вновь довольствовались бронзой, уступив серебро волгоградскому «Ротору» по итогам личных встреч. После того как закончил выступления Виктор Лосев, получил тяжелую травму Игорь Скляров, у команды возникли серьезные проблемы в обороне, которые с особой силой высветило разгромное поражение на своем поле в первом матче нового розыгрыша Кубка УЕФА от германского «Айнтрахта» (0:6). Столь крупной неудаче сопутствовало немало объективных и субъективных обстоятельств. По ходу сезона десять (!) футболистов клуба перенесли операции по поводу коленного мениска-небывалый обвал травм. А перед матчем с «Айнтрахтом» выбыли из строя сразу пятеро защитников и оба вратаря, в результате в ворота пришлось встать Андрею Сметанину, только-только оправившемуся от повреждения и давно не имевшему игровой практики. На уколах вышел на поле и вернувшийся в команду Добровольский. Тем не менее главный тренер команды Валерий Газзаев взял всю вину за поражение на себя и публично на послематчевой пресс-конференции заявил, что подает в отставку. Известный специалист, возглавлявший тогда «Айнтрахт», Клаус Топмеллер, понимая, что счет не отражает соотношения сил соперников, попытался отговорить динамовского наставника, но тщетно. Газзаев остался непреклонен. А правоту немца подтвердил итог ответного матча во Франкфурте, в котором собравшее свои боевые порядки «Динамо», уже под руководством Адамаса Голодца взяло реванш у немецкого клуба (2:1). За сборную России в том сезоне играли динамовцы Игорь Скляров, Игорь Добровольский, Бахва Тедеев и Омари Тетрадзе.
Последний кубок
В новом сезоне команду возглавил 73-летний Константин Бесков, который повторил с ней свой двойной успех советских времен-1967 и 1970 годов. Правда, на этот раз он растянул динамовские достижения на два сезона: в 1994 году вывел команду на серебряную ступень пьедестала почета чемпионата, а в 1995-м выиграл с ней Кубок России. Но составить конкуренцию бессменному чемпиону России «Спартаку» бело-голубые сумели лишь в первом круге, потерпев на старте второго два поражения подряд, они сдали позиции. В середине сезона уехал в мадридский «Атлетико» Игорь Добровольский, и Бесков вынужден был признать, что в первом круге у него была одна команда, а во втором-совершенно другая.
Большой интерес вызвали матчи «Динамо», на первом этапе Кубка УЕФА выбившего из турнира бельгийский «Серэн», с мадридским «Реалом», в составе которого выступали мастера европейского класса Канисарес, Йерро, Бутрагеньо, Редондо, Саморано, Микаэль Лаудруп. В Москве динамовцы вели в счете, однако чилийцу Саморано удалось его сравнять. И на знаменитом мадридском стадионе «Сантьяго Бернабеу» гости достойно продержались первый тайм, но, пропустив гол в начале второго, расклеились и позволили сопернику добиться крупной победы (4:0).
Лучшим бомбардиром чемпионата России стал динамовец Игорь Симутенков (21 гол), после признанный футболистом № 1 сезона в России. И он после впечатляющего успеха отправился в зарубежный клуб-итальянскую «Реджану». На чемпионате мира в США «Динамо» в сборной России представлял Омари Тетрадзе, а в других матчах ее честь защищали Юрий Ковтун, Игорь Симутенков, Дмитрий Черышев.