Смелый и предприимчивый, не склонный к оседлой жизни и земледельческой работе, Е. Пугачев был родом из донских казаков. Отец его, Иван Пугачев, скончался в 1762 году, мать Анна – в 1771-м. Фамилия Пугачев произошла от прозвища деда – Михаила Пугача. Смолоду Е. Пугачев воевал, участвовал в Семилетней и Русско-турецкой войнах. В 1700 году он тяжело заболел («…и гнили у него грудь и ноги»). Пугачев хлопотал об отставке, но ему в ней отказали, предложив лечиться в лазарете или самостоятельно. Он предпочел лечиться собственными силами. Не имея желания служить, Пугачев скрывался в Польше, Украине, на Дону и на Урале.
Несколько раз он попадал под арест, но совершал побеги, неудачно пытался перебраться на Терек.
В ноябре 1772 года Пугачев скрывался в старообрядческом ските, у настоятеля Филарета, от которого услышал о произошедшем волнении в Яицком войске. Через несколько дней после этого Емельян отправился в поездку за рыбой в Яицкий городок, где встретился с одним из участников восстания 1772 года Д. Пьяновым. В разговоре с ним Пугачев впервые назвал себя спасшимся Петром III и обсуждал возможность организации побега скрывающихся участников восстания на Кубань. По возвращении в Мечетную слободу по доносу бывшего с ним в поездке крестьянина Филиппова Пугачева арестовали и направили для проведения следствия сначала в Симбирск, а затем в январе 1773-го в Казань.
В мае того же года Е. Пугачев бежал из казанской тюрьмы на реку Яик, где среди проживавших там казаков объявил себя императором Петром Федоровичем, спасшимся чудесным образом от убийц, подосланных неверной женой.
Когда яицкие казаки узнали, что перед ними «император Петр III», то потребовали доказательств. Источник сообщает: «Караваев говорил ему, Емельке: “Ты-де называешь себя государем, а у государей-де бывают на теле царские знаки”, то Емелька… разодрав у рубашки ворот, сказал: “На вот, коли вы не верите, што я государь, так смотрите – вот вам царский знак”. И показал сперва под грудями… от бывших после болезни ран знаки, а потом такое же пятно и на левом виске. Оные казаки Шигаев, Караваев, Зарубин, Мясников, посмотря те знаки, сказали: “Ну теперь верим и за государя тебя признаем”».
Отсюда и берет начало самое масштабное в истории России крестьянское восстание, охватившее территорию более 600 тысяч кв. км. «Мятеж, начатый горстию непослушных казаков, усилившийся по непростительному нерадению начальства и поколебавший государство от Сибири до Москвы», – так писал об этом восстании А. С. Пушкин. Историки именуют события 1773—1774 годов Пугачевщиной.
Через своих помощников Пугачев рассылал манифесты, скрепляя их подписью «Петр III». В них самозванец провозглашал отмену крепостного права, рекрутчины, всех сборов и податей с крестьян, передавал народу землю и призывал «ловить, вешать, расправляться и казнить злодеев-дворян». 17 сентября 1773 года от имени императора Петра III был прочитан первый манифест о начале восстания, ядром которого стали яицкие казаки-старообрядцы. Затем к ним присоединились отряды башкир и других народов Поволжья, уральские работные люди, а также крестьяне, составлявшие большинство на последнем этапе восстания. Многочисленные отряды повстанцев действовали на огромной территории от Урала до Волги. Сам Пугачев первоначально осадил Оренбург, но после поражения от правительственных войск у Татищевой крепости 22 ноября 1774 года его главные силы отступили в горнозаводской Урал. Оттуда он двинулся на Волгу и взял Казань. Пугачевцы находились там всего один день, но успели разграбить и сжечь город. Одно имя Пугачева вызывало неподдельный страх среди населения.
Дальнейший путь преследуемого правительственными войсками мятежного вождя Пугачева лежал вниз по Волге. Он бежал, но бегство его, по выражению А. С. Пушкина, «казалось нашествием». В связи с размахом пугачевского восстания правительство вынуждено было форсировать переговоры с турками об окончании войны и перебросить в Поволжье войска под командованием А. Суворова. После того как повстанцы потерпели крупное поражение под Царицыном, Пугачев в сентябре 1774 года был выдан своими бывшими соратниками царским властям. Когда Пугачев был пойман, власть стремилась убедить народ в том, что Пугачев – не император Петр III, а самозванец. Для этого его везли в Москву в клетке, а по дороге, в Симбирске, скованного Пугачева вывели на запруженную народом площадь и публично допрашивали «злодея».
Доставленный в Москву в распоряжение следственной комиссии мятежный вождь был приговорен судом к четвертованию и казнен с несколькими своими сподвижниками 10 января 1775 года на Болотной площади. День спустя после жестокой казни все члены семьи Пугачева были сосланы в Кексгольм и заключены в казематы крепости; там они провели около 30 лет, после чего получили разрешение поселиться в местном городском посаде.