Стоит сказать, что мышцы современных животных не всегда соответствуют шрамам, бугоркам и другим образованиям на костях. Значит, по крайней мере некоторые из наших представлений о мышечной анатомии нептичьих динозавров все еще под вопросом. Впрочем, для большинства мышц это не проблема, так как мы можем быть уверены в их положении на основе брекетинга. Это касается мышц челюсти, груди, передних конечностей, а также мышц, идущих вдоль шеи, спины и хвоста и соединяющих ребра.
Мускулатура задних конечностей нептичьих динозавров и птиц похожа. Крупный гребень на большеберцовой кости – в особенности большой торчащий гребень на ее передней поверхности – показывает, что там крепилась массивная выпуклая мышца. Аналогичная мощная мышца крепилась и к задней поверхности. А вот голень практически у всех мезозойских динозавров была тонкой, как и у нынешних птиц.
Одна из самых больших и интересных мышц нептичьих динозавров называется хвостово-бедренной (лат. caudofemoralis longus). Эта длинная толстая мышца одним концом крепилась к четвертому трохантеру (гребневидному или пальцевидному отростку на тыльной стороне бедренной кости), а другим – к отросткам хвостовых позвонков. В наше время эта мышца есть у ящериц и крокодилов и является одной из самых важных мышц при передвижении. Во время бега или ходьбы она оттягивает бедро назад, проталкивая животное вперед.
Крепится она к хорошо заметному костному выросту (четвертому трохантеру), а значит, любые изменения в размере, форме и положении трохантера могут рассказать нам немало интересного о мышечной анатомии динозавра. У птицетазовых динозавров трохантер может быть самых разных форм и размеров. У одних это простой гребень, у других он выступает вниз из заднего края бедренной кости, как шип или палец. Различная форма соответствуют различным стилям ходьбы и бега. Гребневидные трохантеры характерны для четвероногих, а шиповидные – для двуногих динозавров. По наблюдениям за современными животными мы знаем, что мышечная активность сильно влияет на форму трохантера, поэтому эти различия показывают, что анатомия хвостово-бедренных мышц четвероногих птицетазовых сильно отличалась от таковой у двуногих.
На большеберцовой кости практически у всех динозавров был треугольный вырост – кнемиальный гребень. К нему крепилась большая выпуклая мышца, покрывавшая переднюю поверхность голени. Кость слева принадлежит орнитоподу мантеллизавру, справа – тероподу мегалозавру
У целурозавров наблюдается важная тенденция эволюции четвертого трохантера. Со временем он становился все меньше и меньше. Из толстого выраженного гребня он сначала превратился в невысокий шрам, а в конце концов исчез вовсе (у большинства современных птиц его нет). Похоже, что целурозавры вместо хвостово-бедренных мышц при ходьбе начали использовать бедренные. С уменьшением хвостово-бедренных мышц уменьшился и трохантер. Если роль этих мышц уменьшается, хвост тоже может стать меньше, тоньше и короче. В отличие от почти всех других динозавров, у манирапторов сильно уменьшились объем и длина хвоста, благодаря чему появились динозавры с сильно укороченными хвостами, например теризинозавры, овирапторозавры, и птицы.
Длинные и прочные боковые отростки позвонков у основания хвоста многих завропод, анкилозавров и других динозавров показывают, что мышцы здесь наверняка были огромными. Трудно сказать, насколько именно: размеры и функционирование этих мышц еще недостаточно изучены. Первоначальные исследования показывают, что громадные широкие мышцы в основании хвоста диплодокоидов, анкилозавров с «булавой» на хвосте и стегозавров с шипами на хвосте были достаточно сильными, чтобы можно было совершать мощные взмахи хвостом и использовать его как хлыст, булаву или молот. Компьютерное исследование хвостовых мышц, которое провела специалист по анкилозаврам Виктория Арбур, показало, что хвост анкилозавров был достаточно сильным, а «булава» на конце – достаточно прочной, чтобы раздробить кость.
Есть вероятность, что мы недооцениваем объем мышц некоторых нептичьих динозавров. Например, если посмотреть на хвостовые позвонки спереди или сзади, то палеонтологи и художники обычно дорисовывали сверху тонкий слой мышц, который едва выступал за внешний край шипов и отростков, торчащих из позвонков вверх и в стороны. Если же посмотреть на хвосты современных ящериц, крокодилов и даже птиц, видно, что их хвостовые позвонки глубоко утоплены в мягкие ткани и со всех сторон окружены толстыми массивными мышцами, которые выступают далеко за пределы костей.