Осенью 1941 г. Л. А. Эйтингон вместе с разведчиками Г. Мордвиновым, И. Винаровым и группой боевиков выехал в Турцию, где по заданию Сталина должен был организовать ликвидацию германского посла в Анкаре Франца фон Папена. Покушение сорвалось, и в августе 1942 г. Эйтингон вернулся в Москву.
С 20.08.42 г. — заместитель начальника 4–го Управления НКВД — НКГБ СССР. Наряду с П. А. Судоплатовым, Эйтингон являлся одним из организаторов партизанского движения и разведывательно—диверсионной работы на оккупированной территории СССР, а позже — в Польше, Чехословакии, Болгарии и Румынии, сыграл ведущую роль в проведении ставших легендарными оперативных радиоигр против немецкой разведки «Монастырь» и «Березина». За выполнение специальных заданий в годы Великой Отечественной войны Л. А. Эйтингон был награжден полководческими орденами Суворова 2–й степени и Александра Невского.
С 27.09.45 г. заместитель начальника отдела «С» НКВД СССР (по совместительству), занимавшегося координацией разведывательной работы по созданию атомного оружия.
После окончания войны принимал активное участие в разработке и осуществлении агентурных комбинаций по ликвидации польских и литовских националистических бандформирований.
В конце 1946 г. специальным решением И. В. Сталина на Эйтингона было возложено проведение операции по оказанию помощи органам безопасности КП Китая в подавлении сепаратистского движения мусульман—уйгуров в провинции Синьцзян (Восточный Туркестан). Совместно с китайскими коммунистами были образованы диверсионные группы под руководством Героя Советского Союза Н. Прокопюка, которым удалось организовать эффективное противодействие мятежникам, финансируемым и снабжаемым оружием режимом Чан Кайши. В итоге к 1949 г. уйгурские сепаратисты потерпели полное поражение.
С 15.02.47 заместитель начальника отдела «ДР» (диверсии), а с 9.09.50 г. — Бюро № 1 МГБ СССР по диверсионной работе за границей (у П. А. Судоплатова).
В октябре 1951 г. Эйтингон, как и многие другие работники МГБ, был арестован по так называемому «делу о сионистском заговоре в МГБ». За решеткой оказалась и его родная сестра Соня Исааковна, врач по профессии. Ее приговорили к 10 годам тюремного заключения «за отказ лечить русских пациентов и содействие сионистскому заговору».
После смерти Сталина, в марте 1953 г. по распоряжению Л. П. Берия освобожден из тюрьмы и восстановлен в органах госбезопасности. В мае 1953 назначен заместителем начальника 9–го (Разведывательно—диверсионного) отдела МВД СССР.
21.07.53 г. арестован по «делу Берия». В 1957 г. он был осужден к 12 годам лишения свободы. С марта 1957 отбывал срок во Владимирской тюрьме.
В 1964 г. вышел на свободу. С 1965 г. старший редактор издательства «Международные отношения».
В 1981 г. скончался в Московской ЦКБ от язвы желудка, и только в апреле 1992 г. последовала его посмертная реабилитация.
Награжден орденами: Ленина (1941), Суворова 2–й степени (1944), Александра Невского, двумя — Красного Знамени (1927 — за работу в Китае; 1936 — в Испании), медалями.
Документы
23 июля 1943 г.
г. Калинин
№ 762
В соответствии с указаниями зам. Наркома НКВД СССР, совместно с райкомами ВКП(б) организуйте переброску работников НКВД и милиции занятых районов в тыл противнику для организации партизанских отрядов, а также вливайте наших сотрудников в партизанские отряды, кои будут заблаговременно переводиться на нелегальное положение и оставляться в тылу у противника.
Переброску сотрудников и формирование партизанских отрядов производить в соответствии с моими устными указаниями. Списки сотрудников, переброшенных в тыл противнику и влитых в партизанские отряды, с указанием функции, а также списки партизанских отрядов, организованных вами, представить мне.
Начальник управления НКВД КО ст. лейтенант госбезопасности
Архив УФСБ по Тверской области. Ф. 1.Оп. 1.Д. 13. Л. 166.
11 сентября 1941 г.
Москва
№ 184/280
Работа УНКВД Калининской области по подготовке и развертыванию партизанского движения в районах, захваченных противником, поставлена явно неудовлетворительно. В результате в Новоржевском, Бежаницком, Локнянском и Кудеверском районах имеются незначительные группы, причем связь с ними отсутствует с момента формирования и неизвестно, какую практическую борьбу они проводят с противником.
Остальные 7 отрядов, хотя по численности и несколько больше, активной борьбы против немцев также не ведут, если не считать двух—трех стычек, не давших существенных результатов.
Работа по вовлечению в партизанскую борьбу местного населения в занятых врагом районах не проводится. Положение в тылу противника Вами не освещается из—за отсутствия связи с оставленной агентурой и слабой работы с маршрутной агентурой.