Е.Чикаленко неоднократно был участником собраний, на которых говорилось о формировании национального правительства при гетмане П.Скоропадском, поскольку кабинет Ф.Лизогуба, по мнению большинства украинской национально-демократической интеллигенции, дискредитировал себя якобы пророссийской политикой. Обсуждался и механизм его смены: постепенное вытеснение пророссийских министров или отставка действующего правительства и замена его украинским министрами. В последнем варианте Евгений Харлампиевич видел опасность государственного переворота, что могло привести к полной потере национальной государственности. В самом начале гетманства Скоропадского он воспринимал его исключительно как пророссийский проект, который якобы реализовывали бывшие «старорежимники», «сознательные враги украинской идеи», «которые прославились на Украине своей обрусительськой, антидемократической деятельностью» и т.п. Но, несмотря на это, Е.Чикаленко постоянно думает над тем, как использовать сложившуюся ситуацию и специалистов в правительственных учреждениях в пользу Украины. Примечательно, что когда 3 мая 1918г. он встретился с Н.Василенко, занимавшим пост премьер-министра перед Ф.Лизогубом, его беспокоил только вопрос, потянут ли кадеты Украину в союз с Россией. Е.Чикаленко в то время фактически обходит молчанием попытки привлечь к участию в кабинете представителей украинской национальной демократии, в результате чего членов кабинета подбирали из специалистов, которые были вне украинского политикума. Однако уже летом Е.Чикаленко убедился, что чиновники, несмотря на все обвинения их в антиукраинстве, работают на будущее Украины. Постепенно он даже восхищается работой некоторых из них, в частности И.Кистяковского — государственного секретаря, затем — министра внутренних дел. Е.Чикаленко даже размышляет над возможностью вхождения представителей украинских партий в кабинет, который мог бы возглавить И.Кистяковский. Такой вариант, по его мнению, открыл бы для Украины большие перспективы. В октябре 1918г. Е.Чикаленко снова получил приглашение возглавить правительство, создание которого стало результатом переговоров между Украинским национальным союзом с гетманом П.Скоропадским. Но и в этом случае он не считал для себя возможным стать во главе кабинета, большинство в котором принадлежало «Протофису» — организации крупного капитала с преобладанием антиукраинских настроений.
Е.Чикаленко еще в дореволюционное время не скрывал свое «германофильство». В своем дневнике и в письмах он пишет о том, что немцы своей организованностью, дисциплинированностью, отношением к труду могут способствовать консолидации и воспитанию украинской нации. Примеры этого он видел в Чехии и Прибалтике. Поэтому вполне положительно воспринял приход в Украину немецких войск в 1918 году. Только немцы, по его мнению, могли навести порядок в Украине, население которой было развращено социалистическими обещаниями и беспорядком и не воспринимало действий украинской власти.
«Германофильство» Е.Чикаленко в значительной мере подкреплялось его наблюдениями за немецкими колонистами на родной Херсонщине. Особый акцент он делал на их эффективных методах хозяйствования и на том, что уже во втором поколении они овладевали украинским языком. Он считал, что если украинцы даже попадут в полную зависимость от немцев, то в борьбе с ними «переймут у них и орудие борьбы, т.е., культуру, как переняли ее эсты, латыши в России и чехи в Австрии, тогда украинцы научатся ненавидеть своих угнетателей и впоследствии освободятся от них. […] А если украинцы снова попадут в положение «братьев» к великороссам, народ украинский надолго останется темным, не осознающим своей национальности, с приметами пария, то есть пьяницы, вора и матерщинника, которому далеко и в социальном, и в национальном отношении до немецкого раба-эстонца, латыша, не говоря уже и чеха». По его мнению, если ситуация сложится так, что немецкие войска вынуждены будут уйти с Украины, она окажется снова под властью России.