«Все шесть губерний были охвачены пламенем мятежа; правительственной власти нигде уже не существовало; войска наши сосредоточивались только в городах, откуда делались экспедиции, как на Кавказе в горы; все же деревни, села и леса были в руках мятежников. Русских людей почти нигде не было, ибо все гражданские должности были заняты поляками. Везде кипел мятеж и ненависть и презрение к нам, к русской власти и правительству; над распоряжениями генерал-губернатора смеялись, и никто их не исполнял. У мятежников были везде, даже в самой Вильне, революционные начальники; в губернских городах целые полные гражданские управления, министры, военные революционные трибуналы, полиция и жандармы, словом, целая организация, которая беспрепятственно, но везде действовала, собирала шайки, образовывала в некоторых местах даже регулярное войско, вооружала, продовольствовала, собирала подати на мятеж, и всё это делалось гласно для всего польского населения и оставалось тайною только для одного нашего правительства. Надо было со всем этим бороться, а с тем вместе и уничтожать вооруженный мятеж, который более всего занимал правительство. Генерал-губернатор ничего этого не видал; русские власти чувствовали только свое бессилие и вообще презрение к ним поляков, ознаменовавшееся всевозможными дерзостями и неуважением даже к самому войску, которому приказано было все терпеть и переносить с самоотвержением; так все это переносили русские, и даже само семейство генерал-губернатора было почти оплевано поляками.
Даже русские старожилы в том крае считали дело потерянным и убеждены были, что мы будем вынуждены уступить требованиям поляков, желавших присоединения к независимой Польше наших западных губерний. Никто не верил, что правительство решится на какие-либо меры, не согласные с намерениями западных держав, и что оно признает законность польских притязаний о восстановлении Польши в её прежних пределах. Мне надо было на первых порах рассеять польскую дурь и возродить в русских и в войске уверенность в непоколебимости предпринимаемых правительством мер. Словом, надобно было восстановить правительственную власть и доверие к оной — без этого ничего нельзя было делать».
Предыдущий губернатор В. Назимов никак не мог справиться с мятежниками. Русские солдаты разбивали их в полевых сражениях — войска поляков вообще были слабыми и партизанскими. Но он не мог вырвать сам корень мятежа: чиновники-поляки подчинялись указаниям не СанктПетербурга, а «леса», край терроризировали жандармывешатели, наущаемые польскими католическими прелатами.
Вот как описывает систему М. Муравьёва Лев Тихомиров: «Назимов писал в Петербург, что всю силу края составляют ксендзы, а потому с ними необходимо поладить. Муравьёв внимательно прочитал бумагу Назимова, задумался и сказал: — Да, это очень важно… Непременно повешу ксендза, как только приеду в Вильну… Польское духовенство не только стояло во главе мятежа, не только поджигало народ и устраивало в монастырях склады оружия (иногда отравленного), но ксендзы, как Мацкевич, были начальниками банд и даже лично состояли „жандармами-вешателями“ и лично совершали убийства (ксендзы Плешинский, Тарейво, Пахельский и т. д.)».
Приехав в мае 1863 года в Вильно Муравьёв действительно распорядился первым делом публично расстрелять двух подстрекавших к мятежу ксендзов, причём не дожидаясь снятия с них сана. Был выслан в Вятку католический епископ Вильны Адам Красинский.
Последовала и казнь графа Леона Плятера — вместе с бандой своих слуг он захватил армейский обоз с оружием на территории Динабургского уезда, это современный Даугавпилс. Банда Плятера была разгромлена крестьянамистарообрядцами, мятежник был захвачен. Однако петербургские покровители поляков попытались выручить Плятера: разгромивших его русских крестьян начали выставлять мятежниками и бунтовщиками; за ясновельможного пана графа начали шуршать в салонах Санкт-Петербурга, но Муравьёв распорядился его казнить.
Казнен был и ещё один представитель петербургского высшего света — дезертир Сигизмунд Сераковский, возглавивший одну из банд. И снова интриги в Санкт-Петербурге не помогли. На М. Муравьёва не подействовали ни письмо министра внутренних дел П. Валуева, ни обращение от английской королевы. Ходили слухи, что в день казни Сераковского к Михаилу Николаевичу пришло даже высочайшее повеление его освободить, но Муравьёв демонстративно распечатал его только тогда, когда мятежник был уже повешен.
Сераковский был до последнего уверен в том, что покровители в столице не дадут его в обиду, издевался над «комедией приговора и помилования», и только когда осознал, что всё серьёзно, запаниковал, начал браниться, ударил палача, в общем, вел себя крайне недостойно. «По совершении казни над Сераковским многие поляки присмирели», — отмечал в своих воспоминаниях барон Андрей Дельвиг.