В своих записях Вернадский отмечал, что в Полтаве российских газет и подписчиков в несколько раз больше, чем украинских, что в Киеве на украинском языке разговаривают только люди до 40 лет и что в Харькове господствуют антиукраинские настроения, а «свидомых» украинцев лишь горстка. Поэтому Вернадский отказался от украинского гражданства, предложенного ему гетманом. Но тем не менее продолжал сотрудничество со Скоропадским, поскольку к лету 1918 года в Киеве собралось множество кадетов, и Вернадский стал руководителем подпольного кадетского центра, ставившего целью восстановление Единой и Неделимой России и пытавшегося использовать Украину как плацдарм для этого.
К концу 1918 года Вернадскому и Василенко удалось-таки создать Украинскую Академию Наук, чьё первое общее собрание прошло в Киеве 27 ноября 1918 года. Этот факт вызвал раздражение у властолюбивого эксглавы Центральной Рады Михаила Грушевского, которого сейчас записывают чуть ли не в основатели Академии. Хотя Грушевский на тот момент, не получив должность главы Академии, всячески противодействовал её открытию в Киеве. После открытия УАН убеждённый федералист Вернадский публично провозгласил (на страницах киевской газеты «Объединение»), что «будущее не в русско-украинской распре, а в русско-украинском единении». В тот же момент Грушевский в программном сборнике статей «На пороге новой Украины» заявил о конце «московской ориентации» и решительно указал «на ту великую историческую, культурную, психологическую, какую хотите, межу, которая ещё в древности отделила Украину от Московщины, украинский народ от московского».
Это было, безусловно, принципиальное расхождение. Однако оно делает понятным дальнейшее отношение обоих деятелей к судьбе Академии в условиях Гражданской войны. Так, во время краткого правления Директории Грушевский ставил перед Петлюрой вопрос о ликвидации УАН как организации, основанной правительством гетмана.
В то же время после падения Директории и прихода в Киев большевиков Вернадскому вплоть до июля 1919 года удавалось поддерживать более или менее конструктивное сотрудничество с правительством Христиана Раковского и сохранять Академию. Когда же Киев перешёл под власть Добровольческой армии, Вернадский специально встречался с Деникиным и добился определённого взаимопонимания. В киевской прессе, контролируемой белыми, Вернадский не уставал разъяснять чрезвычайную ценность новых научных центров на Украине: «То, что они связаны с украинским национальным возрождением, — писал он, — должно считаться благоприятным условием с государственной точки зрения. Оно послужит только к единению и сближению, к росту и выгоде и русской, и украинской культуры».
В 1920 году Вернадский решает хотя бы на время уехать из страны и пишет письма в Англию, в Британскую ассоциацию наук и Королевское общество. К сожалению, через несколько дней Владимир Иванович тяжело заболел тифом. Лишь в середине марта болезнь отступила, и через некоторое время семья Вернадских приезжает в красный Петроград. Вернадский вступает снова в заведование Минералогическим и Геологическим музеем, возглавляет радиохимическую лабораторию, и практически до самой смерти ученый не будет возвращаться к украинскому вопросу. В это же время, судя по его дневникам и письмам, он достаточно серьёзно пересмотрел свои дореволюционные взгляды, очень сожалел, что, в том числе, и своей деятельностью максимально раскачивал государство российское. Но, тем не менее, оставался оптимистом относительно будущего развития России, признавал успехи большевиков на пути восстановления государства, поскольку считал, что только сильное и большое государство способно двигать науку вперёд.
В декабре 1944 года Вернадский простудился, и через несколько дней у него случилось кровоизлияние в мозг. Умер он 6 января 1945 года. Одна из последних его записей гласила: «Для будущего нужны не политические решения, а идеальная глубинная духовная работа, и её центр — Россия».
Наверное, во всём украинофильском движении XIX века тяжело найти более своеобразную и амбициозную фигуру, чем Пантелеймон Александрович Кулиш. Человек, о котором в независимой Украине вспоминают крайне редко и очень осторожно.
Оно и понятно: Кулиш — это человек-эпоха, лично знавший всех сколько-нибудь известных украинофилов своего века, принимавший прямое или косвенное участие во всех крупных украинофильских проектах. И даже определённое время считавшийся лидером этого культурно-политического движения.