Реформация принесла английскому народу Библию на родном языке. Англия встала во главе протестантизма в Европе и помогала голландским и французским кальвинистам в борьбе против их католических правителей. Была образована государственная Церковь. Углубилась враждебность ирландцев к Англии из-за того, что Ирландия оставалась в подчинении папства. Ирландское восстание в конце правления Елизаветы до предела истощило ее финансы. Распродажа и раздаривание среднему классу земель, взятых у Римской Церкви, привели к появлению нового тюдорианского дворянства. Аббаты, потерявшие свои монастыри, больше не участвовали в деятельности палаты лордов. Потребность в работниках, которые заботились бы о благополучии церковных дел, привела к расширению участия государства в этой области. Действия Елизаветы повернули Англию на путь величия будущей империи, но впереди было много сложностей. Поражение Испании и папы римского дало возможность английской короне уделить больше внимания проблеме пуританизма. С 1567 по 1660 год пуритане были главной силой в английских внутренних делах. Они пытались преобразовать, а не уничтожить Англиканскую Церковь.
2. Пуритане и сепаратисты
Победив папство, королева не добилась спокойной жизни. Набирало силу движение пуритан, которые угрожали переделать епископальную государственную Церковь в пресвитерианскую или конгрегационалистскую. Пуритане утверждали, что в Англиканской Церкви все еще остается слишком много «отбросов папства», и хотели «очистить» ее в соответствии с Библией, которую они признавали непогрешимым правилом веры и жизни. Это желание привело к тому, что после 1560 года их стали называть пуританами (лат. purus — «чистый»). Вплоть до 1570 года их главные усилия были направлены против продолжавшегося использования в литургии Церкви обрядов и одеяний, которые казались им папистскими. Они возражали против святых дней, духовного отпущения грехов, против креста, обычая при крещении иметь крестных, опускаться на колени во время причащения и использовать стихарь служителями. Они также отрицали плохое соблюдение воскресения англиканами. Они шли в русле толкований Кальвина, сделанных Вильямом Эймсом (1576–1633) и Вильямом Перкинсом. Кембридж стал университетским центром, где пуритане приобрели самое большое влияние.
Пуританизм продолжал расти и получил поддержку многих адвокатов, купцов и сельского дворянства. После того как исчезла угроза со стороны папы, Елизавета в 1593 году приняла акт против пуритан. Этот акт давал властям право заключать в тюрьму пуритан за непосещение Англиканской Церкви. Следует помнить, что пуритане были не сектантами, а партией в Англиканской Церкви, которая в случае с Картрайтом и его последователями стремилась создать пресвитерианскую государственную Церковь, а Джекоб и его последователи стремились к конгрегационалистской государственной Церкви. Последняя группа сформировала группу пуритан известную как индепенденты (независимые). Индепендентов следует отличать от сепаратистов, которые хотели разделения церкви и государства и конгрегационного управления Церковью. Обе группы продолжали расти, несмотря на оппозицию короны, и вели здоровую критику Английской Церкви. Ими осуждались излишества в одеяниях, отсутствие усердия в соблюдении воскресения и отсутствие осознания греха. Корни английских конформистских сект и конгрегационализма Новой Англии уходят в пуританское движение.
За несколько лет до смерти Ричард Хукер (ок. 1554–1600), пытаясь противостоять угрозе пуритан государственной Церкви, сочинил «Трактат о законах церковной политики», работу, по сути, философскую, где утверждал, что закон, данный Богом и обнаруживаемый рассудком, является верховным. Подчинение правителю, который правит по согласию народа и в соответствии с законом, является необходимым, ибо правитель является главой как государства, так и Церкви. Граждане государства также являются членами государственной церкви и в обеих сферах подчинен Божественному закону. Епископы, подчиненные королю, должны осуществлять надзор над государственной Церковью. Хукер выражал несогласие как с тенденцией пуритан отделить Церковь от государства, так и с папскими претензиями на власть над государством. Не стоит удивляться, что пуританские богословы осуждали его взгляды, поскольку полагали, что люди, находящиеся под Богом, являются источником суверенности в Церкви.