Примерно 800 служителей английского духовенства отказались признать эти изменения и оставили свои приходы. Они были вынуждены бежать в Женеву и во Франкфурт, если не хотели пасть от гонений, которые начала Мария. Приблизительно 300 человек, в основном из торговых районов юго-восточной Англии, были замучены за свою веру. Главными и наиболее известными среди них были Лейтимер и Кранмер. Лейтимер пытался ободрить Ридли перед казнью словами о том, что костер зажжет свечу в Англии, которая по благодати Божией никогда не будет потушена. Кранмер поначалу отрекся от своих взглядов, но позже изменил свое мнение: когда его сжигали, он сделал рукой жест, который означал отказ от отречения; с этим жестом он и был сожжен. Ничто так не усилило протестантизм, как смерть этих храбрых мучеников. Их искренняя убежденность и отвага убеждали англичан в истинности их взглядов. Сочинение Фокса «Книга мучеников» (1563) описывало эти гонения во всех кровавых деталях и будило симпатии к протестантизму. Величайшими ошибками Марии были испанское замужество, реставрация власти папы римского и это гонение. Англичане никогда не склонялись к крайностям, и они выражали протест против крайностей Марии, точно так же как некоторые из них возражали против крайних протестантских реформ Эдварда VI. С приходом к престолу Елизаветы уже наметился путь к компромиссу.
Взойдя на престол в возрасте 25 лет, Елизавета столкнулась со многими проблемами. Мария Стюарт предъявила свои законные претензии на престол. Испания была готова начать вторжение, поддерживая претензии Филиппа на английский престол как мужа прежней королевы Марии Тюдор, а Англию раздирали противоречия между протестантизмом и католичеством. Елизавета вряд ли могла отречься от протестантизма, потому что римское духовенство не признало бы законность брака ее родителей, но она не хотела рисковать и идти на открытый конфликт с силами, поддерживавшими папу римского. По этой причине она благоприятствовала курсу, который был приемлем большинству народа Англии, — умеренное разрешение религиозных проблем и отсутствие крайних отклонений в любую сторону.
При Елизавете в 1559 году парламент принял «Акт о Превосходстве», по которому королева делалась «единственным верховным правителем» в духовных и церковных, а не только в светских делах. Этот титул был менее оскорбительным, чем титул «верховного главы Церкви», на котором настаивал Генрих VIII: хотя первый титул давал королеве административную власть, он предполагал, что дела веры и моральных нравов должны разрешаться самой Английской Церковью.
«Акт о Единообразии» 1552 года разрешал использовать «Книгу молитв», внеся в нее лишь небольшие модификации. Непосещение церкви должно было наказываться штрафом в 1 шиллинг. Были пересмотрены «Сорок две статьи» и в них опущены статьи об осуждении антиномии, анабаптистов и милленариев. Также были пересмотрены другие статьи. Оставшиеся в результате «Тридцать девять статей» были утверждены парламентом в 1563 году как символ веры Англиканской Церкви. От всех пасторов требовалось подписаться под этим символом веры, который, с небольшими модификациями 1571 года, является символом веры Англиканской Церкви с того времени.
Эти шаги, хотя и несколько умеренные, вызвали глубокую враждебность папы римского. К 1570 году папа Пий V издал буллу, отлучившую Елизавету и освободившую ее подчиненных от необходимости подчиняться ей. Елизавета отомстила за это казнью 125 иезуитов, которые хотели вернуть Англию папству (в 1568 году Вильямом Алленом была образована семинария в Дуаи, во Фландрии, где люди могли получать у иезуитов образование, с тем чтобы потом тайно служить папе римскому в Англии). Тогда папа заручился поддержкой испанского короля Филиппа, желая вернуть Англию Римской Церкви. Филиппу было лишь приятно вступить в такой союз, поскольку он был послушным сыном Римской Церкви и знал, что Елизавета тайно помогает голландским подданным в восстаниях против него. В 1588 году он собрал большой флот, известный под названием испанская Армада, и отплыл в Англию. Его флот потерпел позорное поражение от английского флота, состоявшего из более мелких и более маневренных судов, которыми командовали хорошо обученные моряки. Эта победа утвердила Англию как чемпиона протестантизма в Европе и лишила папу последней надежды на возвращение Англии Римской Церкви.