Третья сепаратистская группа конгрегационалистов появилась в Гейнсборо и в Скруби в 1606 году. Группу в Скруби возглавлял Джон Робинсон (ок. 1575–1625), под предводительством которого группа в конечном итоге обосновалась в Лейдене в Голландии в 1608 году. Вильям Брэдфорд (1590–1657), ставший известным позже по Плимуту, был членом этой группы. Именно члены этой группы в конечном счете эмигрировали в Америку в 1620 году на корабле «Мэйфлауэр». Интересно отметить, что эмигранты применили идеи завета к политической жизни, когда заключили «Мэйфлауэрское соглашение», прежде чем высадиться в Плимуте. Вследствие гонений группа из Гейнсборо также эмигрировала в Амстердам в 1606 или 1607 году, возглавляемая Джоном Смитом (ок. 1550–1612). Там они попали под влияние меннонитов. В 1608 или 1609 году Смит сам себя крестил, а также крестил Томаса Гельвиса (ок. 1550– ок. 1616) и других членов этого ответвления. Крещение было совершено обливанием. Часть его конгрегации стала меннонитами после долгих переговоров об условиях перехода.
Томас Гельвис, Джон Мортон и их последователи вернулись в Англию примерно в 1612 году и организовали первую английскую Баптистскую Церковь. Эта группа практиковала крещение обливанием и склонялась к вероучению арминианства, с которым она познакомилась во время арминианского диспута в Голландии. Они были известны как «общие баптисты», поскольку проповедовали, что Бог спасает все уверовавших, а не «избранных». Таким образом из группы сепаратистских конгрегационалистов выделилась первая английская Баптистская Церковь.
Более сильная группа кальвинистских, или «частных», баптистов возникла вследствие раскола с конгрегацией Генри Джекоба в Лондоне в 1633 и 1638 годах. Они крестили верующих погружением и придерживались богословия Кальвина, поскольку делали упор на частное, избирательное примирение с Богом. Именно эта конгрегация, вначале возглавляемая Джоном Спилсбери, с 1638 года оказывала главное влияние на развитие баптизма в Англии. В этой группе находились и предшественники американского баптизма. Хотя Рожер Вильямс не был баптистом, когда он отправился в Америку, он впитал принципы баптизма и использовал их, лишь только среди конгрегационалистов появилась оппозиция его проповедям. Пожары в Смитфилде, испанская Армада, книга Фокса «О мучениках» и заговор Гая Фукса сделали англичан противниками католичества.
Религиозные силы, развившиеся вследствие высылок при Марии Тюдор людей, которые познакомились с кальвинизмом в Европе, а также силы, созданные женевской Библией 1560 и недовольные условиями жизни в Англии, бежали в Америку. Примерно 20 тысяч человек уехало из Англии в Америку с 1628 по 1640 год.
Карл назначил Вильяма Лауда (1573–1645), человека неказистой наружности и с узким мировоззрением, архиепископом Кентерберийским, что породило целый ряд обстоятельств, которые в свое время привели к его падению. Лауд благоприятствовал единообразию в политике и богословию арминианства, что не нравилось кальвинистским пуританам, и назначал арминиан на главные церковные должности.
Попытка Лауда распространить новую «Книгу общих молитв» на церковь в Шотландии в 1637 году стала инцидентом, вследствие которого началась борьба между пуританами и их правителем. Шотландцы выступили против попытки изменить их литургию, политику и веру, предпринятой с целью религиозного разнообразия на этих двух территориях. Это был период, когда Дженни Гедд швырнула стул, на котором сидела, в голову служителя за то, что он «сказал ей причастие на ухо» в исторической Церкви Гильберта в Эдинбурге. В 1638 году шотланды подписали национальный договор в защиту пресвитерианства и заполнили Англию. Карл сделал попытку остановить нашествие, но в конечном счете откупился от него. Шотландцы прошли по Англии вторично и продолжали оставаться угрозой вере. Чтобы получить деньги, Карл в 1640 году созвал парламент, который стал известен как «Долгий парламент» из-за того, что не сменялся до 1660 года.