Реформы клюнийских монастырей в X и XI веках многим помогли возвышению папства. К X веку монастыри обогатились, но духовно обнищали и требовали проведения неотложных реформ. Прежний идеал служения был заменен идеалом личного спасения, который хорошо сочетался с легкой жизнью в процветающем монастыре. Само папство переживало серьезный упадок между церковным правлением Николая I и Льва IX (см. ниже). Движение за преобразования, начавшееся в Клюни, было первым из нескольких последовательных реформистских движений в римском монашестве и имело весьма отдаленные последствия.
Вот история монастыря в Клюни. В 909 году герцог Вильгельм Аквитанский «ради спасения» своей души даровал человеку по имени Верно, который был уже аббатом другого монастыря, грамоту на образование нового монастыря в Клюни, на востоке Франции. Эта грамота свидетельствовала, что монастырь должен быть свободен от любого светского или епископского контроля и осуществлять самоуправление под покровительством папы Римского. Верно, аббат с 910 по 926 год, и Одон, аббат с 927 по 944 год, оба были способными людьми и имели твердый характер. Они несли свое служение так хорошо, что многие монастыри ордена бенедектинцев, включая монастырь на горе Касино, были переустроены по тому же самому образцу.
В соответствии с прежней системой монашества в каждом монастыре был собственный аббат и монастыри не зависели от других монастырей того же ордена. Аббат Клюни, однако, стал назначать приоров новых монастырей, основанных им самим, Либо других монастырей, которые тем самым попадали в его подчинение. Инновация создала устройство, в центре которого стоял один руководитель — аббат Клюни, тесно сотрудничавший с папством. К XII веку более 1100 монастырей находились под руководством аббата Клюни.
Лидеры Клюни настаивали на реформе духовной жизни. Платформа Клюни осуждала симонию (практику покупки или распродажи церковных должностей за деньги) и непотизм (благорасположение к родственникам при назначении на должность). Целибат был третьей составной частью платформы. Духовенство не должно было ни жениться, ни содержать наложниц, а все внимание отдавать церковным делам. Эти монахи также настаивали на том, что Церковь должна высвобождаться из-под светской власти короля, императора или герцога. Эта программа претворилась в жизнь через пап-реформистов с помощью монастырей Клюни. Аскетичная жизнь также переживала второе рождение.
Преобразующий энтузиазм клюнийского движения повлиял на многие другие районы. Монахи из Клюни создавали великолепные монашеские школы, и эти школы помогли сделать латынь общедоступным языком средних веков. Движение, которое привело к началу крестовых походов против мусульман на Священную Землю, многим было обязано монахам из монастырей Клюни. Клюнийские монастыри на границах цивилизации становились центрами благовестия. Монашеский орден Клюни официально прекратил свое существование в 1790 году.
Хотя многие из пап в эпоху 800–1054 годов склонялись к коррупции или были некомпетентны, среди них было несколько способных руководителей, которые помогли консолидировать силы Рима. Николай I, папа с 858 по 867 год, был одним из выдающихся людей. И в своих сочинениях, и в жизни он отстаивал превосходство папы в Церкви как человека, отвечающего за духовное благополучие веры, а также защищал превосходство папы над светскими правителями в области морали и религии. Лжеисидоровы декреталии очень часто упоминались им как оправдание этих требований.
Николай I успешно осуществлял свою власть, как над епископами, так и над светским правителем, которым в то время был Лотарь II из Лотарингии. Лотарь женился на Теутберге главным образом из политических соображений, однако затем он увлекся женщиной по имени Вальдрада и оставил свою законную жену. Лотарь созвал синод, на котором епископы дали ему разрешение развестись. К Николаю обратились за помощью с обеих сторон, но Лотарь к тому времени уже женился на Вальдраде. Николай, с одной стороны, решительно попытался взять под свой контроль епископов, которые приняли такое поспешное решение, а с другой — хотел наказать Лотаря за распутство. Николай принудил Лотаря оставить Вальдраду и вернуть обратно Теутбергу во дворец в качестве законной жены.
Николай также успешно поддерживал право епископов обращаться прямо к папе римскому. Когда Гинкмар, архиепископ Рейский, отстранил Ротада — епископа Суассона — от служения, Николай изменил решение Гинкмара и принудил его вернуть Ротаду в положение епископа.