Николай даже пытался утвердить свою власть над патриархом и Византийским императором в Константинополе. Император Михаил, подкупленный своим дядей Бардой, отстранил патриарха Игнатия, когда тот отказался причащать Барду, и в 858 году назначил Фотия на его место. Игнатий обратился к Николаю за помощью. Николай объявил Фотия смещенным, но Византийский собор под руководством Фотия обвинил Западную Церковь в ереси за то, что она добавила к символу веры утверждение об исхождении Духа Святого не только от Отца, но и от Сына. Противоречия между двумя частями Церкви еще больше усилились, и Николай, хотя ему и удалось утвердить свое превосходство над светскими и церковными правителями на Западе, не пришел к успеху на Востоке.
Между понтификатами Николая I и Льва IX было несколько достойных обладателей папского престола, но вовсе не потому, что за этот период сменилось мало пап — в это время епископский престол в Риме занимали более сорока человек. Особенно сильный скандал произошел в середине XI века. Бенедикт IX, который не заслуживал высокого звания папы, был изгнан из Рима, и на трон взошел Сильвестр III. Бенедикт вернулся в Рим и продал в 1045 году папский престол за большую сумму денег человеку, который стал называться Григорием VI. В ходе этих событий, однако, Бенедикт сам отказался сложить с себя папский титул, и, таким образом, появились три человека, каждый из которых претендовал на законное право называться папой. Тогда Генрих III (ок. 1017–1056) — император Священной Римской империи — созвал собор в Сутри в 1046 году. Бенедикт и Сильвестр были низложены, а Григорий был принужден отказаться от престола в пользу Климента II. Климент вскоре умер, но и его последователь, также назначенный Генрихом, прожил недолго. Генрих позже назначил своего двоюродного брата Бруно папой Львом IX.
С приходом Льва IX закончился долгий период неудачливых пап между Николаем I и Львом IX. Его преемники были сильными людьми, заинтересованными в реформе в духе монастырей Клюни. Собор в Сутри, таким образом, ознаменовал самую нижнюю границу падения власти папства в средневековый период. При Николае II, которому содействовал Гумберт, а также могущественный Хильдебранд (ставший впоследствии Григорием VII), право выбора папы было отнято у римского народа и в 1059 году передано коллегии кардиналов. С того времени до своего пика при Иннокентии III папство неуклонно расширяло власть в Европе.
Византийская Церковь, изможденная борьбой с мусульманами, заполонявшими Византию, ослабила управление собственными делами, которое взял на себя император, а также была поражена богословским застоем, начавшимся после Иоанна Дамаскина, и потому не могла оказать сколь бы то ни было значительного сопротивления расширению как светской, так и духовной власти епископа Римского. Развивающийся антагонизм между двумя частями церкви, который имел исторические корни, привел к расколу 1054 года. С этим расколом христианская религия разделилась на две большие Церкви, которые впоследствии имели мало официальных контактов между собой.
2. Возникновение Греческой православной церкви
Церковь на Востоке так никогда и не смогла стать независимой, подобно Церкви на Западе, потому что находилась под властью императора и ей пришлось развиваться в рамках греческо-римской культуры, сохранившейся на Востоке, в то время как на Западе царствовал хаос Темный веков. После падения Римской империи Церковь на Западе не имела никаких сильных политических соперников в борьбе за имперский трон и продолжала укрепляться, по мере того как сталкивалась с проблемами культурного хаоса, сопутствовавшего падению империи.
Когда Константин перенес столицу в Константинополь в 330 году, он тем самым вымостил дорогу к политическому, а в конечном счете и к иерархическому делению Церкви на восточную и западную. Феодосии в 395 году ввел раздельное управление восточной и западной частью империи. С падением Римской империи на Западе в конце V века это разделение получило полную силу. Церковь на Востоке находилась под управлением императора, но папа в Риме был слишком далеко, чтобы император мог им управлять. В отсутствии эффективной политической власти на Западе папа стал как духовным, так и светским правителем во времена кризисов. Можно сказать, что императоры на Востоке были по существу папами, тогда как на Западе папы были по существу императорами. В результате в двух церквах сформировались полностью различные воззрения на светскую власть.