Хотя существовали различные плоскости понятия болезни, но в основном страдание и болезни трактовались, исходя из религиозно-магических представлений, как наказание или воля богов или же как произвольный акт («вторжение извне») того или иного демона. Соответствующим образом заклинание демонов или направленная к различным божествам молитва о помощи и выздоровлении играли в терапевтических указаниях медицинских текстов важную роль, о которой не следует забывать. В этой связи в принципе было возможно обращение ко всем божествам, но существовали также и особые божества- целители, к которым обращались в случае болезни. К ним относились Хор, Тот и Амон, носившие титул врачей (SWN.W) И считавшиеся божественными врачами. К ним относится и Исида, хоть ее и не называют врачем. Следует считать, что целительная функция этих божеств связана с их ролью в соответсвтвующих мифах.
На грани целительства находятся боги с парамедицинскими функциями (боги плодородия и божества-покровители), которые могли сливаться воедино и с чисто «медицинскими» божествами. К ним относятся божества-творцы Хнум и Хекет, божества плодородия Хатхор и Мин, божества-покровители Бес, Тоэрис, Мешенет, Селкет и Нейт. Особое положение имела богиня войны Сохмет, также называвшаяся «госпожой врачевания». Лишь в более позднюю эпоху пантеон целителей был дополнен Имхотепом. Согласно имеющимся источникам, во время жизни архитектор и главный жрец-чтец царя Джосера не имел четкого отношения к медицине. Лишь после апофеоза в качестве полубога ему, как и некоторым другим обожествленным людям (например, Аменхотепу, сыну Хапи) стали приписывать функции целителя и заступника в бедствиях.
Теологически-иррациональное представление о здоровье и болезни, ссылавшееся на волю богов, повлияло, вероятно, и на отношение египестких врачей к мумификации. Вопреки ранее распространенному представлению, она не являлась сечением трупов, ориентированным на анатомические находки, но представляла собой производимое бальзамировщиком религиозное действие, целью которого являлось сохранение внешней оболочки умершего. На этом фоне нельзя было ожидать получения глубоких анатомических и патологических знаний. Религиозно-культовая точка зрения мешала более глубокому пониманию человеческого тела со стороны бальзамировщика, она же препятствовала интересу врача к мумификации. Это привело к тому, что уровень анатомических знаний египетских врачей был сравнительно невелик (хотя для своей эпохи он являлся довольно неплохим, лишь греки, производившие сечения трупов, превзошли египтян в области анатомии). Египетский врач, в отличие от бальзамировщика, не делал различия между мускулами, полостными органами и сосудами. И наоборот, при мумификации сердце, желудок и легкие не рассматривались как анатомические органы, их функция была другой (ср. гл. 30 «Книги мертвых»), скорее символической, чем реальной.
Это незнание внутренних структур тела ярко контрастирует с дифференцированным знанием о находящихся на поверхности, видимых и осязаемых структурах тела и их болезнях, что показывает, например, папирус Смита. В нем говорится о «смещении ребер груди» или о «язвах», поднявшихся и «сделавших покраснения и гной», «в которых большой жар». Примеры такого рода, без сомнения, указывают на значительную аккумуляцию опыта. Это предположение подтверждается также часто встречающейся в медицинских текстах каузальной зависимостью терапевтических указаний от предшествующего подробного обследования больного или необычно тщательным для архаической медицины указанием веса в рецептах. Нет сомнения в том, что наряду с магико-религиозным существовало и другое, рациональное представление о болезни.
Это рациональное представление о здоровье и болезни, придающее древнеегипетской медицине особое значение, основано не только и не столько на понимании эмпирических взаимосвязей. Оно также имело спекулятивный характер: здоровье понималось, по аналогии с Нилом, как беспрепятственное течение телесного потока, а любой его затор приводил к болезни. Этот метафорический образ рассматривался египетскими врачами как достоверное знание, исходя из которого, определялась терапия. Важнейшие части тела и органы (h3tj, ib, ra-ib, mt.w), переводившиеся ранее исследователями, исходящими из современных анатомических представлений, как «сердце», «желудок» и «сосуды», в действительности получали свое «анатомическое» место и свои «физиологические» функции благодаря вовлечению в эту спекулятивную картину. Например, mt.w не отвечают современным представлениям о сосудах, анатомически они могут соответствовать сосудам и полостным органам, но также и мускулам, жилам, нервам. Это — каналы (подобные индийским и китайским энергетическим каналам «нади» и др.), функцией которых являлись прием воды и воздуха (ср. инд. «прана»), транспортировка их в различные части тела и выделение кала, мочи, семени и слизи (а в случае болезни — и крови).