Проведя всю подготовительную работу, Иван Грозный запустил в действие заранее подготовленный маховик репрессий против зарвавшейся бояро-княжеской аристократии. Уже в феврале 1565 г. произошло два совершенно беспрецедентных события: 1) во-первых, были казнены или отправлены в ссылку несколько самых видных и авторитетных членов Боярской думы — князья А.Г. Горбатый-Шуйский, М.В. Кашин, М.П. Репнин, Д.М. Курлятев, Ф.И. Троекуров и ряд других; 2) во-вторых, после полного разгрома земской Боярской думы, которая теперь стала послушным орудием в руках царя, последовала знаменитая «казанская ссылка», в результате которой своих родовых вотчин и поместий лишились более 100 (из 282) представителей самой титулованной княжеской аристократии страны. Историки по-разному оценивали это событие: одни (А. Зимин, В. Кобрин) не придавали этой «акции» большого значения, а другие (Р. Скрынников), напротив, считали, что «казанская ссылка» стала крупной вехой в истории русской аристократии, поскольку она значительно ускорила процесс отчуждения ее родовых вотчин и поместий. После этой акции репрессии аристократии пошли на спад, и начался период непродолжительной «оттепели».
Летом 1566 г. состоялся Земский собор, созванный для обсуждения мирного договора с Польшей и Литвой, условия которого привезли в Москву
По информации ряда смутных источников, в сентябре 1567 г. Иван Грозный через английского посланника Э. Дженкинсона передал королеве Елизавете I (1558―1603) свою просьбу о предоставлении ему убежища в Англии. Якобы эта просьба была связана с известием о каком-то заговоре в земщине, поставившим своей целью свергнуть законного царя с престола и передать власть его кузену, князю В.А. Старицкому. Однако, как заявил профессор Р.Г. Скрынников, этот принципиальный вопрос так и остался неразрешенным, поскольку невозможно установить, действительно ли земщина составила какой-то заговор, или все свелось к банальной болтовне оппозиционного толка.
Новой крупной жертвой очередной волны репрессий стал влиятельный глава земской Боярской думы боярин Иван Петрович Челядин-Федоров, который по ложному доносу был обвинен в заговоре в пользу князя В.А. Старицкого и в начале 1567 г. сослан на воеводство в Полоцк. Затем последовала опала самого князя В.А. Старицкого, которого выселили в Нижний Новгород и казнили ряд его ближайших родственников, в том числе знатных дворян К.М. Дубровского, В.А. Борисова и других.
Новые казни вызвали резкий протест со стороны нового главы Русской православной церкви митрополита Филиппа (Федора Степановича Колычева), который открыто потребовал от царя упразднить опричнину. Его гневная речь, адресованная самому Ивану Грозному, была продиктована не только тем, что он был самым искренним противником политики опричнины, но и тем важным обстоятельством, что в числе опальных оказались князь В.А. Старицкий и боярин И.П. Федоров, с которыми семейство бояр Колычевых было связано тесными узами службы и родства.
Резкий демарш митрополита Филиппа заставил царя отдать давно подготовленный приказ об окончательной расправе над боярином И.П. Федоровым, которого летом 1568 г. привезли в Москву и подвергли жестокой казни вместе с его многочисленными слугами и холопами. В знак протеста против этой расправы митрополит Филипп демонстративно покинул свою резиденцию в Московском Кремле и уехал в Симонов монастырь. Покинул столицу и царь Иван, который в Александровой слободе вкупе с новгородским архиепископом Пименом стал стряпать дело против главы РПЦ. Однако обвинительное заключение было столь надуманным, что почти все члены земской Боярской думы отказались утвердить его. В результате полетели головы новых строптивых бояр — князей А.И. Катырева-Ростовского, Д.И. Сицкого, М.Ю. Лыкова и других. Только после этого новый состав земской Боярской думы утвердил обвинительный приговор митрополиту Филиппу: он был низложен, публично избит и увезен под крепким караулом в Богоявленский монастырь под Тверь.