Летом 1570 г. М. Скуратов и его головорезы состряпали новое «московское дело», главными обвиняемыми по которому стали руководители многих земских приказов: Посольского — дьяк И.М. Висковатый, Казенного — дьяк Н.А. Фунников, Поместного — дьяк В.В. Степанов, Разбойного — дьяк Г.И. Шапкин и другие крупные представители приказной бюрократии, которых обезглавили на Поганой луже в Москве. По мнению многих историков (С. Платонов, А. Зимин, В. Кобрин), Иван Грозный хотел учинить в столице новый «новгородский погром», но события, произошедшие летом следующего года, положили конец кровавой опричнине.
В мае 1571 г. крымский хан Девлет-Гирей, пройдя Изюмским шляхом через территорию Дикого поля, совершил опустошительный набег на Москву, в результате которого столица государства была сожжена практически дотла. После ухода татар в городе начались новые казни опричных (И.С. Воронцов) и земских (С.А. Яковлев) воевод, которых обвинили во всех смертных грехах и сделали «козлами отпущения». На следующий год крымцы тем же Изюмским шляхом, через Северский Донец, вышли в новый поход на Москву, однако Иван Грозный на сей раз объединил земское и опричное войско под единым командованием трех талантливых воевод — князей М.И. Воротынского, И.П. Шуйского и Д.И. Хворостина, и выставил 40-тысячную рать под Коломной, Серпуховом и Калугой. В начале августа 1572 г. русская армия в ходе трехдневного кровопролитного сражения у села Молоди нанесла сокрушительное поражение крымской орде и обратила татар в постыдное бегство:
Победа при Молодях убедила грозного царя в бессмысленности и опасности дальнейшего раскола страны, и в сентябре 1572 г. опричнина была отменена. Справедливости ради следует сказать, что эту точку зрения разделяют далеко не все историки. Одни авторы (С. Платонов, П. Садиков, Д. Альшиц) утверждали, что опричнина просуществовала до самой смерти Ивана Грозного. А их оппоненты (Р. Скрынников, В. Кобрин, А. Зимин, В. Корецкий, Я. Лурье) полагают, что это не совсем так, поскольку «вторая редакция» опричнины была издана только в 1575 г., но в гораздо более мягкой форме, нежели первая.
В 1575 г. произошло очередное загадочное событие: Иван Грозный добровольно отказался от престола и назначил великим князем Московским крещеного касимовского царевича Симеона Бекбулатовича. Этот политический спектакль продолжался всего несколько месяцев, но его причины до сих пор покрыты тайной и вызывают самые горячие споры у историков. Одни (В. Корецкий) считают, что эти события были связаны с попыткой Ивана Грозного завладеть польско-литовским престолом, который, после бегства из Варшавы французского «принца крови» Генриха Валуа, вновь оказался вакантным, как и пару лет назад. Другие (А. Зимин, В. Кобрин, А. Станиславский, А. Юрганов) связывают это событие с изданием «второй редакции» опричнины, поскольку страна с этого момента вплоть до смерти Ивана Грозного вновь была поделена, но уже на земщину и двор (Особый двор), в состав которого монарх впервые попытался ввести ряд лиц из среды провинциального дворянства, которые ранее просто не могли претендовать на столь высокий взлет в своей карьере в силу незнатного происхождения и должностного положения.
Что касается общих жертв опричных репрессий, то одни историки (Р. Скрынников, И. Фроянов), детально проанализировав синодики (поминальные списки) репрессированных, заявили, что непосредственно жертвами опричнины стали примерно 4500 человек, тогда как за одну Варфоломеевскую ночь 24 августа 1572 г. в Париже было уничтожено более 4000 гугенотов. Их оппоненты из либерального лагеря (В. Кобрин, А. Юрганов), которые буквально смакуют вопрос о жертвах опричного террора и наслаждаются живописанием зверств опричных репрессий, считают эту цифру крайне заниженной и утверждают, что «писцовые книги», составленные вскоре после опричнины, «создают впечатление, что страна испытала опустошительное вражеское нашествие». Хотя при этом конкретное число жертв опричных репрессий они так и не называют.