Пока С. Баторий был занят подавлением мятежа недовольных его избранием польских магнатов и шляхты, русская армия под водительством князей В.Ю. Голицына и Д.И. Хворостина вновь захватила практически всю Ливонию и начала осаду Ревеля и Риги. Вскоре радость побед сменилась горечью тяжелых поражений. Справившись с внутренней смутой, Стефан Баторий резко активизировал боевые действия по всему фронту и к 1580 г. отвоевал у Москвы всю Ливонию, занял Полоцк, Великие Луки и в 1581 г. осадил Псков, где героическую оборону крепости возглавил здешний воевода князь И.П. Шуйский. Одновременно боевые действия в Прибалтике начали и шведы, которые, приступив к реализации «великой восточной программы» Юхана III (1568—1592), захватили Корелу, Нарву, Копорье и Ивангород. Ситуация на ливонском фронте сложилась критическая, и Москва вынуждена была начать мирные переговоры. В январе 1582 г. было заключено Ям-Запольское перемирие с Речью Посполитой, а в мае 1583 г. подписано Плюсское перемирие со Швецией. В итоге кровопролитная Ливонская война закончилась тяжелым поражением России, которая отдала неприятелю не только все свои завоевания в Прибалтике, но и исконные русские земли — Ям, Копорье, Ивангород и другие города.
Сразу после присоединения Казанского и Астраханского ханств на границах Дикого поля, находившегося между Русским государством, Крымским ханством и Речью Посполитой, в 1550-х гг. началось строительство Большой засечной черты, предназначенной для защиты рубежей Русского государства от постоянных набегов крымских и ногайских татар. Царское правительство, кровно заинтересованное в притоке новых поселенцев, способных нести государеву пограничную службу, сознательно поощряло заселение этих давно запустевших земель новыми переселенцами, для чего освобождало их от уплаты всех государственных податей и позволяло им беспошлинно заниматься винокурением и соляным промыслом. Кроме того, всем поселенцам Слободской Украины разрешалось на правах заимки безвозмездно владеть определенным количеством земли и самим формировать и избирать органы местного самоуправления.
В конце XVI в. царское правительство начало строительство новой Белгородской засечной черты, куда хлынул новый поток как русских поселенцев, основавших Белгород, Чугуев, Царёв-Борисов, Русскую Лозовую и Русские Тишки, так и малороссийских поселенцев из Русского, Киевского и Брацлавского воеводств, входивших в состав Речи Посполитой. Основную массу этих поселенцев составляли запорожские казаки, великорусские и малороссийские селяне и православное духовенство, но встречались среди них и представители малороссийской православной шляхты, которые вместе с донскими казаками не только стерегли рубежи Русского государства, но и активно осваивали земли будущей Новороссии.
Официальной датой основания Донского казачьего войска считается 3 января 1570 г. Однако, как установили многие историки (А. Разин, А. Пронштейн, Н. Миненков), безусловно, это войско возникло значительно раньше, поскольку еще сам великий московский князь Иван III знал об особой моде пограничных рязанцев
В 1584 г. донские казаки впервые присягнули на верность царю Федору Иоанновичу и были включены в «государев разряд», результате чего Разрядный приказ, которым в ту пору ведал думный дьяк Василий Яковлевич Щелкалов, поставил их на