В октябре 1569 г. по дороге в Александрову слободу два верных царских опричника Григорий Лукьянович Скуратов-Бельский (Малюта Скуратов) и Василий Григорьевич Грязной расправились с царским кузеном, последним удельным князем Владимиром Андреевичем Старицким, отравив его вместе со всей семьей — престарелой матерью Ефросиньей Старицкой, женой Евдокией Одоевской и малолетней дочерью Марией.
В ходе розыска о заговоре князя В.А. Старицкого в недрах опричнины созрело дело «о новгородской измене» и в декабре 1569 г. опричная Боярская дума приняла решение отправить опричное войско в поход против мятежных новгородцев. По информации историков путь опричников в Новгород был отмечен зверскими убийствами и грабежами в Клину, Твери, Торжке, Вышнем Волочке и других русских городах. Якобы тогда по личному приказу царя Малюта Скуратов задушил и бывшего митрополита Филиппа в его келье в тверском Отрочь Успенском монастыре только за то, что он оказался благословить Ивана Грозного на новгородский поход. Погром в Новгороде, в ходе которого, по разным оценкам, погибло от 4000—6000 (Р. Скрынников) до 15000 (В. Кобрин) новгородцев, продолжался весь январь 1570 г. А затем царские опричники направились грабить и убивать в соседний Псков, но, испугавшись пророчеств некого юродивого Николы, царь не рискнул войти в этот порубежный город и вернулся обратно в Москву.
Живописуя зверства новгородского похода, многие историки опричнины почему-то упорно умалчивают следующие факты:
1) Опричный суд функционировал на новгородском Городище всего три недели, и даже при максимально ускоренном делопроизводстве опричные судьи едва ли могли рассмотреть больше нескольких сотен уголовных дел.
2) По сохранившимся источникам, в частности, церковным синодикам, смертной казни подверглось около 200 новгородских дворян, 45 дьяков и приказных и примерно 150 их домочадцев.
3) Еще до новгородского похода, в 1568―1569 гг. в трех новгородских пятинах вспыхнул массовый голод и резко возросла смертность населения, что было вызвано эпидемией чумы, сильным подорожанием зерна из-за двух неурожаев и Ливонской войны, которая существенно подорвала всю новгородскую экономику, нарушив прежние торговые связи Новгорода с державами всего Балтийского региона.
4) Если внимательно проанализировать источники, то можно легко убедиться в том, что опричной «ревизии» и «погрому» было подвергнуто именно церковное и монастырское хозяйство, где шла конфискация зерна, скота и соли, которого так не хватало простым новгородцам.
5) Вероятнее всего, так называемый новгородский «погром» был во многом связан с тем, что в условиях сильнейшего голода и катастрофического роста цен новгородские бояре и церковники вполне сознательно провоцировали недовольство новгородцев «политикой Москвы».
6) Не исключено и то, что именно тогда у всей новгородской элиты возникло горячее желание искать спасения в присоединении к Люблинской унии, которую только что, в 1569 г., заключили Польша и Литва.
7) Кроме того, совершенно очевидно, что всей новгородской элите была крайне невыгодна политика Ивана Грозного в Балтийском регионе, грозившая потерей их очень больших доходов в традиционной балтийской торговле.
8) Наконец, вероятнее всего, новгородцев явно не устраивала ориентация царя на Лондон, поскольку было доподлинно известно, что именно тогда английские купцы получили от него ряд важных преференций и открыли альтернативный балтийской торговле новый «торговый меридиан» через Холмогоры―Вологду―Москву. Кроме того, не надо забывать, что сами англичане были крайне недовольны политикой «новгородской торговой корпорации», которая некогда входила в конкурирующий с ними Ганзейский союз, а в 1560-х гг. открыла свой город для голландцев, бывших главными конкурентами англичан во всей международной торговле. Все это зримо говорит о том, что новгородский поход никак не мог быть некой параноидальной импровизацией Ивана Грозного, а имел глубокие причины и был совершен вполне вовремя.
По возвращении из Новгорода весной 1570 г. неожиданно начались казни самих опричников, в результате которых свои головы на плахе сложили все первые руководители опричнины, стоявшие у ее истоков: князья А.И. Вяземский, М.Т. Черкасский, А.Д. Басманов, Ф.А. Басманов и другие. Одни историки (В. Кобрин) связывали эти казни со смертью второй жены царя, кабардинской княжны Марии Темрюковны Черкасской, а их оппоненты (Р. Скрынников) — с кознями М. Скуратова и В.Г. Грязного, которые вскоре заняли руководящие посты в опричнине.