На что не рассчитывали при объединении, так это на войну 1958 г. Вместо роста силы и влияния ОАР получила полный военный разгром, который вылился в совершенно неприемлемую для Сирии ситуацию. Она лишилась доступа к Средиземному морю и оказалась в крайне неприятной ситуации, когда Насер поставил на первое место интересы Египта. Ему удалось добиться вывода израильских войск из Синая и Газы, хотя и ценой свободного судоходства. Город Тартус и его окрестности никто возвращать не собирался. Это был первый звонок.
17 сентября 1958 г. был издан закон об аграрной реформе, ущемлявший интересы буржуазно-помещичьих кругов. Предусматривалось ограничение крупного землевладения и распределение отчужденных за выкуп земель среди безземельных и малоземельных крестьян. Она была идентична реформе, проводимой в Египте, и не учитывала специфических особенностей, связанных с местоположением и плодородием земель в Сирии.
В соответствии с законом максимальные размеры земельных владений не должны были превышать 80 га орошаемой и 300 га бочарной земли на главу семьи и дополнительных 40 га орошаемой и 160 га бочарной земли на членов семьи. Предполагалось, что установление для бочарных земель максимума в 460 га вызовет заинтересованность землевладельцев в произведении работ по повышению плодородия почвы и интенсификации использования земельных участков.
Однако, опасаясь нового отчуждения земельной собственности и стремясь удержать за собой максимум земли, помещики демонтировали водоснабжающие установки, переводя орошаемые земли в бочарные. В конечном счете, это привело к сокращению посевных площадей и ухудшению общего положения в сельском хозяйстве. На это наложились потери от вынужденного транзита продукции через Ливан и засуха, продолжавшая с 1958 по 1961 г.
По советским образцам и методикам были разработаны десятилетняя программа экономического развития Сирийского района, в рамках которой в начале 1958 г. была утверждена первая пятилетняя программа промышленного строительства (1958–1963 гг.). В 1960 г. был разработан единый пятилетний план экономического и социального развития для обоих районов ОАР на 1961–1965 гг., одной из основных задач которого было достижение соответствия в уровне экономического развития двух районов.
Однако Египет и Сирия были очень разными странами, как по темпам развития, так и по уровню жизни. К тому же, активное противодействие проектам оказывали не только помещики, но новая буржуазия обеих объединившихся в ОАР стран.
Сирийским помещикам и промышленникам не нравилась конфискационная направленность многих мероприятий. Египтяне стремились установить свое политическое и экономическое господство в Сирийском районе. Поэтому уровень жизни в Сирии резко снизился.
Резкое сокращение сельскохозяйственного производства отразилось и на других отраслях экономики. В этих условиях египетские внешнеторговые организации стали проводить дискриминационную политику в отношении торговых сделок Сирийского района. В самой Сирии египетские товары успешно конкурировали с местными, приводя к закрытию многих предприятий (особенно в текстильной промышленности), а также к резкому росту безработицы. Это был второй звонок.
А слияние продолжалось и в политической области. В 1959 египетская партия Национальный союз была объявлена единственной легальной политической партией ОАР. В марте 1960 г. объявлялось о создании единой Национальной ассамблеи, кандидатов в депутаты которой должны были выдвигать члены Национального союза каждого района. В связи с тем, что в Сирийском районе в Национальный союз были избраны многие члены бывших, теперь уже не существующих партий, они оказались и в Национальной ассамблее ОАР.
В августе 1961 г. исполнительные советы обоих районов были ликвидированы и образовано центральное правительство с местопребыванием в Каире. Из 35 министров лишь 14 представляли Сирийский район. В Национальную ассамблею избрано 385 египетских депутатов и только 70 сирийских (вместо намечавшихся ранее 200). Баасистские лидеры скоро поняли, что партия не займет того положения в Национальном союзе, на которое они рассчитывали. Между тем их противники обвинили именно баасистов в тяжелом положении в стране, как инициаторов объединения.
Когда в Сирии летом 1961 начались национализация и перераспределение собственности, сирийские мелкие и средние городские торговцы выступили за выход из состава ОАР. Против «социалистических» нововведений выступила даже «левая» сирийская Баас, мотивируя свою позицию желанием смягчить критику процесса объединения двух государств и ссылаясь на то, что эти меры приведут скорее к усилению централизованного контроля над экономикой, чем к достижению социальной справедливости.
Наблюдалось недовольство и в армии, где многие старшие офицеры – сторонники БААС были либо уволены в запас, либо понижены в должности и переведены в Египетский район. Широкая оппозиция объединению и ослабление проегипетских сил в Сирии после перевода Сараджа на работу в Каир помогли коалиции гражданских политиков и военных создать заговор.