Иногда туркестанские генерал-губернаторы активно сопротивлялись инициативам Военного министерства, направленным против бухарских евреев. Так, Иванов и затем Тевяшев отказались поддержать близкое к запрету ограничение на покупку бухарскоподданными евреями недвижимости в русских поселениях на территории эмирата. В некоторых случаях местная администрация становилась инициатором устранения ограничительных законов против бухарских евреев. Генерал-губернатор Вревский пытался расширить права тех из них, кто вступил в русское подданство, а многие его последователи на этой должности стремились передать подсудность бухарских евреев со статусом туземцев из компетенции мусульманского народного суда в прерогативу мирового суда, считавшегося более справедливым. В обоих случаях эти инициативы были встречены в штыки Военным министерством, разногласия с которым увенчались законодательным отклонением первой и принятием второй инициативы, поддержанной даже не слишком благоволившим к евреям Министерством юстиции. Так закончилось более чем сорокалетнее пребывание бухарских евреев в юрисдикции мусульманских народных судей, которая была продуктом кауфманской политики консервации прежних мусульманских порядков.
Амбивалентность позиции местной администрации по отношению к бухарским евреям определялась двумя важными задачами, которые были на нее возложены: с одной стороны, проводить политику «Туркестан для русских», т. е. всячески протежировать именно русским купцам, промышленникам и фирмам, способствовать распространению в крае русских товаров и ограничивать ввоз туда конкурентоспособных иностранных товаров, наделять землей православных переселенцев и устраивать для них поселки, а с другой – заботиться об экономике края, в которой с 1880-х годов бухарские евреи стали играть заметную роль. Отношение к ним туркестанских генерал-губернаторов нередко зависело от того, какую из этих задач тот или иной генерал-губернатор считал приоритетной. Некоторые туркестанские генерал-губернаторы плохо знали законы, действовавшие в Туркестане, а также специфику правового положения бухарских евреев. Это было результатом частой смены администраторов, среди которых Военное министерство все время пыталось найти надежных проводников своей внутренней политики. За тридцать пять лет, прошедших после смерти Кауфмана, в крае сменилось тринадцать (!) генерал-губернаторов.
Наиболее последовательного своего приверженца Военное министерство снискало в лице Самсонова. Симптоматичен тот факт, что даже помощь бухарских евреев русской армии во время завоевания края стала рассматриваться в близких к Самсонову кругах как проявление их нелояльности к своему правительству. Тем не менее и Самсонов под давлением аргументов, представленных Министерством финансов, промышленниками Центрального промышленного района и биржевыми комитетами, несколько раз отказывался поддержать ограничительные инициативы Военного министерства. Он же, без какого-либо давления извне, поддержал инициативу своих предшественников о передаче подсудности евреев, обладавших туземным статусом, русскому мировому суду. В годы управления Самсонова краем бухарские евреи после долгих лет разбирательств получили, вопреки сопротивлению Военного министерства, права на устройство духовных правлений, открытие молитвенных домов и школ.
Оппонентом Военного министерства в оценке роли бухарских евреев традиционно выступало Министерство финансов. Своим прагматизмом оно отличалось и от других министерств. Многие его чиновники считали бухарско-еврейских предпринимателей полезными для российской экономики. Однако до середины 1890-х годов позиции этого министерства в правительстве были слабы и оно не могло противостоять сильному Военному министерству. Поэтому в 1889 году военному министру без труда удалось провести через Государственный совет важное постановление, лишавшее бухарскоподданных евреев прежних льгот в приобретении недвижимости. Они, в нарушение нескольких положений договора 1868 года с Бухарой о правах ее подданных на территории России, приравнивались к остальным евреям, являвшимся иностранными подданными. С другой стороны, это постановление впервые законодательно закрепило льготные права бухарских евреев, признанных туземными, как проживавших на территории края еще до его завоевания. С усилением Министерства финансов в начале XX века бухарские евреи получили от него более действенную поддержку, особенно во время занятия Коковцовым должности председателя Совета министров. В этот период даже Николай II не счел нужным настаивать на окончательном выселении бухарскоподданных евреев, возможно – засомневавшись в своей прежней негативной их оценке или посчитав этот вопрос не заслуживающим внимания.