Богослужение совершалось ежедневно по Поморскому уставу. Служили вечерню и павечерницу, утреню, часы, а после часов – молебен либо панихиду. С самого момента основания Преображенской обители в ней с необыкновенной точностью исполнялся богослужебный устав. Никакие упущения в совершении служб не допускались. Так же строго соблюдался и временной порядок богослужений. Всенощное бдение здесь всегда понималось в самом строгом, буквальном смысле слова – как богослужение, которое продолжается всю ночь и заканчивается утром. В соответствии с этим пониманием и всенощная служба начиналась не ранее 11 часов вечера, а заканчивалась часов в 5 или 6 утра. Всеми признавалось, что даже знаменитые староафонские монастыри не исполняют службу с такой точностью, как старообрядцы Преображенского кладбища. Такой порядок богослужения соблюдался практически до 1910-х гг., когда для заказных всенощных стал допускаться иной порядок, а именно: начало их приходилось на восемь часов вечера. (В наше время всенощные совершаются полностью вечером.)
Однако главным попечением Ильи Алексеевича Ковылина была благотворительная деятельность: забота о лучшем положении сирот и престарелых, проживавших в богадельне, устройство общих бесплатных столов для ежедневного кормления неимущих, независимо от их вероисповедания. Вместе с тем, Ковылин заботился и о религиозно-нравственном воспитании своих подопечных в духе древлеправославия. В обители проживало много детей-сирот, и Ковылин учредил для них постоянное училище, в котором под руководством опытных наставников подростки, достигая более зрелого возраста, кроме общих дисциплин обучались переписыванию книг в духе древнерусской книжности, знаменному пению по крюкам, иконописи. Для учащихся была открыта богатейшая библиотека Преображенской обители, собранная Ильей Алексеевичем.
Илья Алексеевич Ковылин был человеком высоких духовных дарований. Всякий, кому приходилось общаться с ним, отмечал его редкие человеческие и пастырские качества. «В церкви патриарх, а в мире владыка мира», «муж поистине апостольский», – так отзывались о Ковылине знавшие его люди. И он оправдывал это наименование. Борясь за единство Церкви, он сумел сплотить вокруг Преображенской обители староверов-старопоморцев почти всей России. Наставники с Преображенки отправлялись с проповедью древлеправославия в Нижегородскую, Тульскую, Воронежскую, Тверскую, Смоленскую губернии. За помощью и советом к Ковылину обращались староверы Саратова и Кубани, Дона и Сибири. По инициативе Ильи Алексеевича на Преображенском кладбище не раз собирались соборы для обсуждения насущных вопросов староверия, на которых поднимались вопросы объединения различных старообрядческих согласий.
Известен Ковылин и своей литературной деятельностью. Хотя из скромности он постоянно говорил о себе: «человек я не ученый, книжные премудрости не научен, учению школьному не искусен, простец есмь», недостатки образования постоянно стремился восполнить чтением лучших образцов древнерусской и старообрядческой литературы. Поучения его весьма назидательны и проникнуты глубоким религиозным миросозерцанием в традициях древлеправославия. Ковылина без преувеличения можно назвать образцом древнерусского начетчика, перечитавшего огромную массу христианской литературы. Он прекрасно знал Священное Писание, цитируя сочинения практически всех известных в России святых отцов: Иоанна Златоуста, Василия Великого, Ефрема Сирина, Кирилла Иерусалимского, Иоанна Дамаскина…
Произведения Ковылина никогда не были напечатаны в России, хотя в 1846 г. были изданы в Лейпциге на немецком языке. Между прочим, с этими сочинениями был знаком Ф. М. Достоевский, с большим уважением относившийся к памяти Ильи Алексеевича. Как-то раз, находясь в Москве на открытии памятника А. С. Пушкину, он пригласил своего друга, магистра древней философии И. К. Быковского посетить могилу Ковылина на Преображенском кладбище. При этом великий русский писатель сказал такие слова: «Если желаете поклониться праху великого русского благотворителя Ильи Алексеевича Ковылина, останки которого покоятся на старообрядческом Преображенском кладбище, то сегодня вечером (11-го июня 1880 г.) приезжайте ко мне; Иван Сергеевич Тургенев и Дмитрий Васильевич Григорович едут со мной. Мой незабвенный родитель знал лично И. А. Ковылина, и, благодаря его ходатайству, отец мой получил место доктора Мариинской больницы».