Известие о федосеевской богадельне достаточно быстро разлетелось по всей Москве. Народ повалил толпами в Преображенское, причем приходили не только те, кто желал покинуть Москву. Сюда приходили в поисках спасения от голода и мора или желавшие хотя бы умереть и быть похороненными по-христиански. Обитель постепенно расширялась, и Илья Ковылин начал проповедовать, что мор послан Богом в наказание за отступление русских людей от древлеправославия. Эта проповедь оказалась более действенной, чем все увещевания «просвещенных» синодальных архиереев, пытавшихся запретить в Москве поклонение чудотворным иконам, якобы способствующим распространению чумной заразы. Многие благочестивые москвичи начали переходить в старообрядчество и крестились в Хапиловском пруду. Община стремительно росла, и уже стало не хватать помещений. Так, если до основания Преображенского кладбища федосеевцев в Москве было всего около 20 домов, то к 1825 г. их численность за счет присоединения местных жителей достигла 12 тысяч прихожан и 2 тысяч призреваемых. Однако рос и капитал Преображенского кладбища: многие, умирая, оставляли все свое имущество общине – на помин души. Вскоре в кассе кладбища накопилось более 200 000 рублей, что было по тем временам суммой весьма значительной.
После окончания эпидемии вокруг кладбища в деревянных бараках стали проживать вдовы и сироты умерших во время чумы староверов. Преображенское кладбище быстро приобрело важное значение не только как духовно-административный центр федосеевского согласия, но и стало важнейшим общестароверческим духовным центром. Изменялся и облик кладбища. Ковылин начал хлопотать у властей о разрешении устройства общины. Разрешение было получено, и тогда на землях, купленных у крестьян села Черкизово, были выстроены два обширных отделения. По своему пространственному замыслу комплекс Преображенки копировал Выговское общежительство, разделяясь на северный (мужской) и южный (женский) монастыри.
25 октября 1792 г. московский главнокомандующий А. Прозоровский уже доносил Екатерине II: «Близ Преображенской заставы, в самом Камерколлежском валу, находится часовня, для которой вал сей заровняли, чтоб более дать место погосту. Сия часовня каменная представляет наружность церкви, около оной довольно каменного жилого строения, в котором они (беспоповцы) содержат богадельню более 1000 человек».
Здания богаделен и часовен Преображенского кладбища были воздвигнуты из кирпича ковылинских заводов, при этом Илье Алексеевичу удалось привлечь для строительства таких известных русских архитекторов, как В. И. Баженов и Ф. К. Соколов. Сохранившийся до наших дней комплекс зданий «Преображенского кремля», в основном, был выстроен в 1784—1811 гг. по проекту Ф. К. Соколова. В 1784 г. была построена соборная часовня во имя Успения Пресвятой Богородицы, в 1805—08 гг. – надвратная Крестовоздвиженская часовня на мужской половине. В 1805 г. на женском дворе появилось шесть каменных корпусов с моленными: Покровской, Всемилостивого Спаса, Преображенской (над вратами), Богоявленской (и преподобного Зотика) в больничных палатах, Успенской (а также Иоанна Богослова и Николы чудотворца) и Ильинской. В 1811 г. было закончено строительство Крестовоздвиженской часовни на женской половине. Палаты были обнесены белыми кирпичными стенами с зубчатыми башнями по углам, напоминавшими стены главной русской святыни – московского Кремля.
Для украшения моленных изнутри использовались только древлеписанные, дораскольные иконы. В храмах Преображенского кладбища стараниями Ковылина была собрана огромная коллекция редчайших древних икон, которые до сего дня не перестают удивлять знатоков и искусствоведов. Старинные иконы и утварь он скупал повсюду, где только мог, в том числе и в новообрядческих монастырях и церквах. В 1802 г. через Министерство внутренних дел Ковылину удалось приобрести идущий на слом храм Сретения в Кремле (XVI в.) вместе со всеми старинными иконами и убранством. В 1806 г., когда началась перестройка Потешного дворца царя Алексея Михайловича в Кремле, Ковылин купил парадные ворота дворца, украшенные белокаменными изображениями львов. Эти ворота были перевезены на Преображенку и установлены при входе в женскую обитель.