В 1854 г. одновременно с попечителем кладбища Федором Гучковым и настоятелем федосеевского Боровского монастыря Пафнутием Леонтьевичем был арестован Семен Кузмин (с 1827 г. – наставник, с 1837 г. – главный наставник общины федосеевского согласия на Преображенском кладбище). Формальным поводом послужило обвинение в управлении капиталами кладбища и немолении за царя (последнее было одним из пунктов федосеевского учения вообще). Истинной же целью ареста явилось желание поскорее обезглавить федосеевскую общину, лишив ее опытных и грамотных наставников, и тем самым способствовать ее скорейшему переходу в единоверие.
Семен Кузмин был заточен в Крестовоздвиженском мужском монастыре Полтавской епархии. До конца своих дней он оставался верным последователем федосеевского согласия и молился по старым книгам, отказываясь ходить в новообрядческую церковь и исполнять никонианские обряды. Полтавские жители называли его «патриархом старообрядчества». Когда в город на Ильинскую ярмарку съезжалось множество купцов-староверов, к Кузмину приставляли двух рядовых солдат. Караул снимался, когда ярмарка заканчивалась. Скончался Семен Кузмин 13 июля 1859 г. от упадка сил. Могила его находится на Преображенском кладбище в Москве.
Другие наставники Георгий Гаврилович Михайлов и Андрей Ефимович были сосланы один в Вятку, другой – в Харьков. Попечителя Федора Алексеевича Гучкова сослали в Петрозаводск, в Олонецкую губернию, а Константина Егоровича Егорова – под надзор полиции в Пензу. Оба они скончались в заточении, тела их были погребены на Преображенском кладбище.
Тем самым, Преображенское кладбище было фактически обезглавлено и после ареста его духовных руководителей и попечителей подчинено ведению Попечительного совета заведений общественного призрения.
Только 3 октября 1883 г. был издан закон, предоставлявший некоторые права старообрядцам в их религиозной жизни. С 15 по 18 августа 1883 г. на Преображенском кладбище состоялся съезд 180 наставников. На съезде было принято 20 постановлений, в том числе о всеобщем безбрачии, о принятии еретиков через крещение. Съезд осудил пьющих чай и кофе, курящих табак, бреющих бороды и носящих иностранную одежду.
К концу XIX в. в Москве действовало около 17 федосеевских (в основном домовых) моленных и скитов, из них на Преображенском кладбище – 7. Кроме того, на Преображенке находилось две больницы и школа. Всеми расходами заведовал особый эконом. Годовой оборот доходил до 40 000 рублей и более (сумма по тем временам немалая). Во всех моленных кладбища состояло на жаловании более 200 певцов и певиц. В главной соборной моленной кладбища служба совершалась повседневно – служились вечерня, павечерница, утреня, часы, молебен, а под большие праздники – всенощная.
После выхода в 1905 г. царского Указа об укреплении начал веротерпимости жизнь федосеевской общины вновь оживилась. 1 августа 1905 г. на Преображенском кладбище раздался первый разрешенный колокольный звон. В 1907 г. община была официально зарегистрирована. 15 августа 1909 г. в Преображенском богаделенном доме члены общины утвердили «Устав московской общины христиан древлеправославного вероисповедания старопоморского согласия». В том же году открылась школа с трехгодичным курсом обучения. В 1910 г. почетный член общества старообрядцев Преображенского кладбища Г. К. Горбунов устроил богадельню для престарелых старообрядцев, а в 1912 г. состоялась закладка больничного корпуса (архитектор Л. Р. Кекушев), который вскоре был выстроен крупным подрядчиком, членом общины М. М. Малышевым за полцены (по смете цена строительства определялась в 70 000 руб.). В богадельне постоянно проживало около 300 мужчин и женщин, причем лекарства раздавались бесплатно.