Братский двор находился в Дурном переулке (ныне Товарищеский), в глубине домовладения №6. В 1789 г. на средства тверского купца Т. И. Долина здесь была выстроена деревянная моленная во имя Успения Пресвятыя Богородицы, Преображения Господня, святителя Николы и преподобных Зосимы и Саватия, соловецких чудотворцев. В переулок выходили два каменных жилых флигеля с богадельней, которые сохранились в перестроенном виде до наших дней. В саду, во дворе, разместилась моленная, не отмечавшаяся на планах Москвы. При Братском дворе существовали иконописная и меднолитейная мастерские, устроенные первым наставником общины Алексеем Яковлевым (прозвание – Балчужный, настоящая фамилия – Смирнов; ум. в 1815 г.). Вторым наставником был Петр Иванов. Алексей Яковлев в качестве настоятеля Братского двора стремился к объединению всех филипповских общин, существовавших в то время в России, и к созданию в Москве единого духовного центра филипповского согласия. Он оставил после себя множество сочинений, посвященных как проблемам внутренней жизни филипповцев, так и их отношениям с другими старообрядческими согласиями, с официальной церковью и государством.
В конце XVIII в. московская филипповская община насчитывала до 300 человек. Во время пребывания Наполеона в Москве в 1812 г. Братский двор сгорел, так что после освобождения города от французов пришлось строить новую моленную, на этот раз каменную. Окрестные дома были скуплены купцами-филипповцами, и дворы этих домов образовывали своеобразный лабиринт, позволявший представителям согласия скрываться от полиции. После выхода Указа о веротерпимости в 1905 г. к углубленному в землю зданию моленной пристроили колокольню.
Молиться на Братский двор приезжали издалека и жили в богаделенных зданиях месяцами, причем приезжих кормили бесплатно. Приблизительно с 1885 г. настоятельницей Братского двора стала инокиня Парасковия, много потрудившаяся для сохранения этого духовного центра. Вплоть до 1917 г. Братский двор, как и большинство других старообрядческих храмов и монастырей, считался частной собственностью, переходившей от одного доверенного лица к другому. После смерти брата инокини Парасковии К. А. Беликова, который являлся номинальным владельцем Братского двора, все владение перешло к пяти наследникам. Матери Парасковии досталась лишь пятая часть. Из прочих наследников лишь один Ф. Н. Калмыков оказался вполне порядочным человеком. Остальное же наследство пришлось выкупать и отсуживать, на что ушло немало сил и средств. После смерти Парасковии Братский двор перешел в собственность инока Виталия, инокини Феклы и некоего Чибисова. Интересно, что поскольку при Братском дворе своего кладбища не было, филипповцы предпочитали хоронить покойников не на Преображенском кладбище, а на Рогожском.
Несколько позже московского Братского двора появились филипповская моленная на Болотной улице (основана в XVIII в.) и женский скит за Московской заставой в Петербурге. Вообще благодаря близости Выговского монастыря к северной столице староверы появились здесь достаточно рано. С самого начала основания города Петр I, нуждавшийся в искусных ремесленниках, переселял их сюда из разных мест – преимущественно на Охту и в район села Рыбацкого. Особенно нужны были плотники, а самые знатные плотники – олончане и архангелогородцы – все сплошь были староверами. В царствование Екатерины II в Петербурге на Моховой улице было основано подворье Выговского монастыря (1768), а также построены поморские и федосеевские моленные на Малоохтинском (1760) и Волковом (1777) кладбищах, впоследствии ставшие центрами своих согласий на всем Северо-Западе. В начале XIX в. в одной из комнат дома купца Дмитриева на Коломенской улице, 12, устроили свою моленную на 150 человек и филипповцы. Моленная была освящена в честь Владимирской иконы Божьей Матери. При этой моленной жил известный иконописец Н. С. Рачейсков, беседы с которым вдохновили писателя Н. С. Лескова на создание рассказа «Запечатленный ангел». В 1911—13 гг. флигель дома на Коломенской был специально перестроен для моленной и квартир служителей по проекту архитектора Ф. Ф. Лумберга. По имени одного из новых хозяев – Павлина Ивановича Киржакова – моленная стала называться в народе Киржаковской.