Сторонники других толков Символа веры были объявлены еретиками, лишились мест для богослужения, их вождей сослали, а имущество конфисковали. Но в 5 в. вспыхнул новый спор – о соотношении божественной и человеческой природы в Христе. Антиохийский священник Несторий,
ставший в 428 г. епископом Константинополя, утверждал, что Иисус был человеком, который через наитие святого Духа стал Христом (мессией), а потому страданиям и казни на кресте был подвергнут не бог, а человек, и, кроме того, Мария, мать Иисуса, не может быть названа Богородицей, поскольку родила не бога, а человека. Отличаясь от арианства, которое превращало богочеловека Христа в младшее божество, несторианство расчленяло его на Бога Сына и человека, связь между которыми оказывалась относительной, поверхностной. Как в первом, так и во втором случаях вера критиковалась с позиций античной логики, разума, что заведомо было обречено на неудачу. На Эфесском вселенском соборе 431 года Несторий был осужден и сослан в глухой египетский оазис, где и скончался, но несторианство просуществовало еще много столетий (несториане бежали в Персию, Среднюю Азию и даже Китай, где их учение получило признание).Противники несторианства, в первую очередь александрийский епископ Кирилл (это по его указке фанатичными монахами в 415 г. была растерзана женщина-ученый Гипатия) и его преемник Диоскор, отстаивали тезис, что после воплощения Святого духа в Христе ему была присуща только одна, божественная природа, а, значит, пострадавшим за человечество и распятым оказывался не богочеловек, а сам бог. Это учение об одной природе Христа – монофизитство (от греч. mono один + physis природа),
отвергавшее представление о Христе-человеке, было особенно популярно в Египте и энергично насаждалось александрийским монашеством (христианское монашество возникло в Египте в конце 3 в.). Монофизиты выступали как защитники традиций и сторонники никейского символа веры. Монофизитство было официально признано церковью в 449 г. на соборе в Эфесе, но из-за продолжавшейся борьбы александрийской и римской церквей уже в 541 г. было осуждено на Вселенском соборе в Халкидоне. Собор объявил Христа совершенным как в его божественности, так и в его человечности, т.е. богочеловеком. Учение о том, что крестные страдания испытывал бог, осуждалось как еретическое. Александрийские монахи восстали против такого решения, и для подавления мятежа император Юстиниан I направил 2 тыс. солдат. Многие восставшие, искавшие спасение в александрийской церкви, переделанной из языческого храма Сераписа, были сожжены вместе с самим храмом. Сохранившееся в Египте монофизитство было усвоено коптской церковью, и поныне пользующейся большим влиянием в Эфиопии. Последним порождением монофизитских споров стала дискуссия о двух волях Христа, возникшая в 7 в. Монофелиты (от греч. mono один + thelema воля) признавали за Сыном божьим две природы – божественную и человеческую, но заявляли, что Христос обладал лишь одной, божественной волей и одной энергией. Ортодоксальные же богословы утверждали, что у двух природ одной воли быть не может. Монофелитство было осуждено в 680 г. на Вселенском соборе в Константинополе.